Polymorphic microsatellite loci for<i>Littorina plena</i>show no population structure between the eastern and western coasts of Vancouver Island, Canada
Notice bibliographique
Résumé
Marine snails of the genus Littorina are found on rocky intertidal shores throughout the north Atlantic and north Pacific oceans and comprise 19 species (Reid, 1996). This genus is commonly used for population genetic studies; Littorina species typically have separate sexes, moderately short generation times, low adult dispersal rates and large intertidal populations, making them convenient for comparative genetic studies (Berger, 1973; Kyle & Boulding, 2000; Lee & Boulding, 2009). Microsatellite markers have been developed for several Littorina species (Tie, Boulding & Naish, 2000; Sokolov et al., 2003; McInerney et al., 2009), but none have been developed for L. plena (Gould, 1849) or its sister species, L. scutulata (Gould, 1849). In this study, primers for microsatellite loci were initially developed from a genomic library for L. plena and were subsequently tested for cross-species amplification in six other Littorina species: L. scutulata, L. littorea (Linnaeus, 1758), L. sitkana Philippi, 1846, L. subrotundata (Carpenter, 1864), L. obtusata (Linnaeus, 1758) and L. saxatilis (Olivi, 1792). Amplification success in related species was expected to decrease with increasing evolutionary distance (Primmer et al., 2005; Panova et al., 2008). Therefore we expected that L. plena microsatellite primers would also amplify loci in its sister species L. scutulata (Reid, Rumbak & Thomas, 1996) and possibly in Littorina species closely related to that clade.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».