Transcriptional Regulation of Early Transposon Elements, an Active Family of Mouse Long Terminal Repeat Retrotransposons
Notice bibliographique
Résumé
While early transposon (ETn) endogenous retrovirus (ERV)-like elements are known to be active insertional mutagens in the mouse, little is known about their transcriptional regulation. ETns are transcribed during early mouse embryogenesis in embryonic stem (ES) and embryonic carcinoma (EC) cell lines. Despite their lack of coding potential, some ETns remain transposition competent through their use of reverse transcriptase encoded by a related group of ERVs-MusD elements. In this study, we have confirmed high expression levels of ETn and MusD elements in ES and EC cells and have demonstrated an increase in the copy number of ETnII elements in the EC P19 cell line. Using transient transfections, we have shown that ETnII and MusD LTRs are much more active as promoters in P19 cells than in NIH 3T3 cells, indicating that genomic context and methylation are not the only factors determining endogenous transcriptional activity of ETns. Three sites in the 5' part of the long terminal repeat (LTR) were demonstrated to bind Sp1 and Sp3 transcription factors and were found to be important for high LTR promoter activity in P19 cells, suggesting that as yet unidentified Sp binding partners are involved in the regulation of ETn activity in undifferentiated cells. Finally, we found multiple transcription start sites within the ETn LTR and have shown that the LTR retains significant promoter activity in the absence of its noncanonical TATA box. These findings lend insight into the transcriptional regulation of this family of mobile mouse retrotransposons.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».