Proteomics Analysis of Interleukin (IL)-7-induced Signaling Effectors Shows Selective Changes in IL-7Rα449F Knock-in T Cell Progenitors
Notice bibliographique
Résumé
Interleukin (IL)-7 is a cytokine that plays a central role in the development, survival, and proliferation of T and B cell lymphocytes. Overexpression of IL-7 in mice (transgenic (Tg) IL-7) leads to both increased proliferation of early T and B cell progenitors and T and B cell lymphomas. Genetic evidence indicates that known IL-7 receptor (IL-7R)-dependent proteins, including prosurvival protein BCL-2, may not be solely responsible for the effects of IL-7. Other studies indicate that known IL-7-induced signaling proteins dock to a specific tyrosine (Tyr(449)) residue on the alpha-subunit of the IL-7R. We have previously shown in an IL-7Ralpha(449F) knock-in model that IL-7-induced lymphomas require Tyr(449) phosphorylation and that loss of this phosphorylation confers protection from disease. However, the mechanism by which this lymphoma protection occurs remains unclear. Using this genetic model, we aimed to identify novel prosurvival factors important for IL-7-mediated lymphocyte development and lymphomagenesis. An iTRAQ (isobaric tags for relative and absolute quantitation) proteomics analysis was performed comparing CD4(-)CD8(-) double negative T cell progenitors from mice overexpressing IL-7 (Tg IL-7) (lymphoma-prone) with Tg IL-7 mice with a mutated IL-7 receptor (Tg IL-7/IL-7Ralpha(449F)) (lymphoma-protected). Several proteins involved in survival, proliferation, and apoptosis were found to be differentially expressed between the two samples, and three proteins of particular interest, GIMAP4, BIT1, and FKBP51, were validated by immunoblot analysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».