Design of a Single Plasmid-Based Modified Yeast One-Hybrid System for Investigation of in Vivo Protein-Protein and Protein-DNA Interactions
Notice bibliographique
Résumé
We have developed a modified yeast one-hybrid system (MY1H) useful for in vivo investigation of protein-protein and protein-DNA interactions. Our single-plasmid expression system is capable of differential protein expression levels; in addition to a GAL4 activation domain (AD) fusion protein, a second protein can be coexpressed at either comparable or higher transcriptional levels from expression vectors pCETT or pCETF, respectively. This second protein can play a structural, modifying, or inhibitory role that restores or blocks reporter gene expression. Our MY1H was validated by use of the well-characterized DNA-binding protein p53 and its inhibitory partners, large T antigen (LTAg) and 53BP2. By coexpressing LTAg or 53BP2 at comparable or higher levels than the GAL4AD-p53 fusion in the MY1H, we show that DNA binding of p53 decreases by different, measurable extents dependent on the expression level of inhibitory partner. As with the traditional Y1H, our system could also be used to investigate proteins that provide coactivational or bridging functions and to identify novel protein- or DNA-binding partners through library screening. Our MY1H provides a system for investigation of simultaneous protein-protein and protein-DNA interactions, and thus is a useful addition to current methods for in vivo investigation of such interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».