Molecular detection of the oyster parasite Mikrocytos mackini, and a preliminary phylogenetic analysis
Notice bibliographique
Résumé
The protistan parasite Mikrocytos mackini, the causative agent of Denman Island disease in the oyster Crassostrea gigas in British Columbia, Canada, is of wide concern because it can infect other oyster species and because its life cycle, mode of transmission, and origins are unknown. PCR and fluorescent in situ hybridization (FISH) assays were developed for M. mackini, the PCR assay was validated against standard histopathological diagnosis, and a preliminary phylogenetic analysis of the M. mackini small-subunit ribosomal RNA gene (SSU rDNA) was undertaken. A PCR designed specifically not to amplify host DNA generated a 544 bp SSU rDNA fragment from M. mackini-infected oysters and enriched M. mackini cell isolates, but not from uninfected control oysters. This fragment was confirmed by FISH to be M. mackini SSU rDNA. A M. mackini-specific PCR was then designed which detected 3 to 4x more M. mackini infections in 1056 wild oysters from Denman Island, British Columbia, than standard histopathology. Mikrocytos mackini prevalence estimates based on both PCR and histopathology increased (PCR from 4.4 to 7.4%, histopathology from 1.2 to 2.1%) when gross lesions were processed in addition to standard samples (i.e. transverse sections for histopathology, left outer palp DNA for PCR). The use of histopathology and tissue imprints plus PCR, and standard samples plus observed gross lesions, represented a 'total evidence' approach that provided the most realistic estimates of the true prevalence of M. mackini. Maximum parsimony and evolutionary distance phylogenetic analyses suggested that M. mackini may be a basal eukaryote, although it is not closely related to other known protistan taxa.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».