Valproate induces widespread epigenetic reprogramming which involves demethylation of specific genes
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Notice bibliographique
Résumé
Valproate (VPA)(1) has been used for decades in the treatment of epilepsy, and is also effective as a mood stabilizer and in migraine therapy. It has been shown that VPA is also a histone deacetylase (HDAC) inhibitor. We have previously shown that VPA could trigger active demethylation of ectopically methylated transiently transfected DNA in HEK 293 cells. We therefore tested whether VPA treatment could bring about stable changes in the epigenome by causing changes in the state of DNA methylation of genomic DNA. Using a microarray gene expression analysis we identified the genes whose expression is induced by VPA treatment in HEK 293 cells. We found that a subset of these genes could also be induced by the classical DNA methylation inhibitor 5-aza-2'-deoxy-cytidine (5-aza-CdR) suggesting that VPA can alter the state of expression of genes, which are stably suppressed by DNA methylation. We mapped the state of methylation of three of these genes, MELANOMA ANTIGEN B2 GENE (MAGEB2), METALLOPROTEINASE 2 (MMP2) and WIF1, which are involved in tumor growth and metastasis. A chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay revealed that VPA treatment caused as expected a change in the state of acetylation of these genes. Our data supports the concept that chromatin acetylation and DNA methylation are found in a dynamic interrelation and that the consequences of HDAC inhibitors are not limited to changes in histone acetylation but that they also bring about a change in the state of modification of DNA. The implications of our results on the future therapeutic utilities of VPA in cancer will be discussed.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle