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Enregistrement W2129882344 · doi:10.1002/prot.20214

Crystal structure of methenyltetrahydrofolate synthetase from <i>Mycoplasma pneumoniae</i> (GI: 13508087) at 2.2 Å resolution

2004· article· en· W2129882344 sur OpenAlexfundaboutno aff
Shengfeng Chen, Dong Hae Shin, Ramona Pufan, Rosalind Kim, Sung‐Hou Kim

Notice bibliographique

RevueProteins Structure Function and Bioinformatics · 2004
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueFolate and B Vitamins Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesNational Institutes of HealthUniversity of Toronto
Mots-clésBiochemistryCofactorSerine hydroxymethyltransferaseMethionine synthaseThymidylate synthasePurine metabolismBiologyMethyltransferaseMethylationEnzymeStereochemistryChemistryMethionineDNASerineAmino acidGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Introduction. The enzyme 5,10-methenyltetrahydrofolate synthetase (MTHFS), also known as 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase, is involved in folate metabolism. MTHFS catalyzes the obligatory initial metabolic step in the intracellular irreversible conversion of 5-formyltetrahydrofolate to other reduced folates, which requires ATP and magnesium. The product is then interconverted into other reduced folates involved in one-carbon metabolism. The reduced tetrahydrofolates (THFs) serve as cofactors that carry one-carbon moieties for the de novo synthesis of purines (supply the number 2 and number 8 carbons of the purine ring) and thymidylate (used for the methylation of dUMP to dTMP), and for the remethylation of homocysteine to methionine. 6] MTHFS from Mycoplasma pneumoniae shares significant sequence homology with human MTHFS. Although sequence information for MTHFS from various organisms is available, no structural information for this family of enzymes has been obtained. To provide a structural basis for understanding the function of the MTHFS protein family, we have determined the crystal structure of M. pneumoniae MTHFS at 2.2 resolution.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,021
Score d'incertitude au seuil0,042

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0020,000
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0090,003

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,232
Écart entre enseignants0,222 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2004
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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