Loss of MHC class II gene and protein expression in diffuse large B-cell lymphoma is related to decreased tumor immunosurveillance and poor patient survival regardless of other prognostic factors: a follow-up study from the Leukemia and Lymphoma Molecular Profiling Project
Notice bibliographique
Résumé
The Leukemia and Lymphoma Molecular Profiling Project recently published results from DNA microarray analyses of 240 diffuse large B-cell lymphomas (DLBCLs). Four gene expression "signatures" were identified as correlated with patient outcome, including the major histocompatibility complex (MHC) class II genes (eg, HLA-DRA) which correlated with better survival. We further analyzed the effects of HLA-DRA on survival and correlated gene expression with protein status and tumor-infiltrating lymphocytes. The 5-year overall survival was 24% in the lowest 10% of HLA-DRA expression, 37% in the 10% to 25% group, 50% in the 25% to 50% group, and 55% for patients in the highest 50%. Further analysis demonstrated that the hazard ratio of death was a nonlinear function of HLA-DRA expression. Adjustment for the International Prognostic Index did not alter the impact of HLA-DRA on survival. Other MHC class II genes were found to predict survival similarly. Microarray HLA-DRA expression correlated with the presence or absence of human leukocyte antigen-DR (HLA-DR) protein in 20 of 22 cases assessed. Fewer tumor-infiltrating CD8(+) T cells were detected in MHC class II-negative cases compared with positive cases (2.8% versus 11.0%; P =.001), supporting the hypothesis that loss of tumor immunosurveillance has a devastating effect on patient outcome in DLBCL.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».