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Enregistrement W2131786456 · doi:10.1371/journal.pgen.1004256

DNA Glycosylases Involved in Base Excision Repair May Be Associated with Cancer Risk in BRCA1 and BRCA2 Mutation Carriers

2014· article· en· W2131786456 sur OpenAlexafffund
Ana Osório, Roger L. Milne, Karoline Kuchenbaecker, Tereza Vaclová, Guillermo Pita, Rosario Alonso, Paolo Peterlongo, Ignacio Blanco, M. Durán, Orland Dı́ez, Teresa Ramón y Cajal, Irene Konstantopoulou, Cristina Martínez-Bouzas, Raquel Andrés Conejero, Penny Soucy, Lesley McGuffog, Daniel Barrowdale, Andrew Lee, Brita Arver, Johanna Rantala, Niklas Loman, Hans Ehrencrona, Olufunmilayo I. Olopade, Mary Beattie, Susan M. Domchek, Katherine L. Nathanson, Timothy R. Rebbeck, Banu Arun, Beth Y. Karlan, Christine Walsh, Jenny Lester, Esther M. John, Alice S. Whittemore, Mary B. Daly, Melissa C. Southey, John L. Hopper, Mary Beth Terry, Saundra S. Buys, Ramūnas Janavičius, Cecilia M. Dorfling, Elizabeth J. van Rensburg, Linda Steele, Susan L. Neuhausen, Yuan Chun Ding, Thomas van Overeem Hansen, Lars Jønson, Bent Ejlertsen, Anne‐Marie Gerdes, Mar Infante, Belén Herráez, Leticia Thais Moreno, Jeffrey N. Weitzel, Josef Herzog, Kisa Weeman, Siranoush Manoukian, Bernard Peissel, Daniela Zaffaroni, Giulietta Scuvera, Bernardo Bonanni, Frédérique Mariette, Sara Volorio, Alessandra Viel, Liliana Varesco, Laura Papi, Laura Ottini, Maria Grazia Tibiletti, Paolo Radice, Drakoulis Yannoukakos, Judy Garber, Debra Frost, Radka Platte, Elena Fineberg, D. Gareth Evans, Fiona Lalloo, Louise Izatt, Rosalind A. Eeles, Julian Adlard, Rosemarie Davidson, Trevor Cole, Diana Eccles, Jackie Cook, Shirley Hodgson, Carole Brewer, Marc Tischkowitz, Fiona Douglas, Mary Porteous, Lucy Side, Lisa Walker, Patrick J. Morrison, Alan Donaldson, John Kennedy, Claire Foo, Andrew K. Godwin, Rita K. Schmutzler, Barbara Wappenschmidt, Kerstin Rhiem, Christoph Engel, Alfons Meindl, Nina Ditsch, Norbert Arnold, Hans Jörg Plendl, Dieter Niederacher, Christian Sutter, Shan Wang‐Gohrke, Doris Steinemann, Sabine Preisler-Adams, Karin Kast, Raymonda Varon-Mateeva, Andrea Gehrig, Dominique Stoppa‐Lyonnet, Olga M. Sinilnikova, Sylvie Mazoyer, Francesca Damiola, Bruce Poppe, Kathleen Claes, Marion Piedmonte, Kathy Tucker, Floor Backes, Gustavo C. Rodriguez, Wendy R. Brewster, Katie Wakeley, Thomas Rutherford, Heli Nevanlinna, Kristiina Aittomäki, Matti A. Rookus, Theo A.M. van Os, Lizet van der Kolk, Jeffrey L. Lange, Hanne Meijers‐Heijboer, Annemarie H. van der Hout, Christi J. van Asperen, E. Gómez, J. Margriet Collée, Carolien H. M. van Deurzen, Rob B. van der Luijt, Peter Devilee, Edith Oláh, Conxi Lázaro, Àlex Teulé, Mireia Menéndez, Anna Jakubowska, Cezary Cybulski, Jacek Gronwald, Jan Lubiński, Katarzyna Durda, Katarzyna Jaworska–Bieniek, Oskar T. Johannsson, Christine Maugard, Marco Montagna, Silvia Tognazzo, Manuel R. Teixeira, Sue Healey, Curtis Olswold, Lucia Guidugli, Noralane M. Lindor, Susan Slager, Csilla I. Szabo, Joseph Vijai, Mark E. Robson, Noah D. Kauff, Liying Zhang, Rohini Rau‐Murthy, A. Fink-Retter, Christian F. Singer, Christine Rappaport, Daphne Geschwantler Kaulich, Georg Pfeiler, Muy-Kheng Tea, Andreas Berger, Catherine M. Phelan, Mark H. Greene, Flavio Lejbkowicz, Irene L. Andrulis, Anna Marie Mulligan, Gord Glendon, Amanda E. Toland, Anders Bojesen, Inge Søkilde Pedersen, Lone Sunde, Mads Thomassen, Torben A. Kruse, Uffe Birk Jensen, Eitan Friedman, Yael Laitman, Shani Paluch Shimon, Jacques Simard, Douglas F. Easton, Kenneth Offit, Fergus J. Couch, Georgia Chenevix‐Trench, Antonis C. Antoniou, Javier Benı́tez

Notice bibliographique

RevuePLoS Genetics · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBRCA gene mutations in cancer
Établissements canadiensCancer Care OntarioUniversity Health NetworkUniversity of TorontoLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai HospitalUniversité LavalCentre hospitalier universitaire de Québec
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesMedical Research CouncilCanadian Institutes of Health ResearchCancer Center, University of KansasNational Institutes of HealthMinistero dello Sviluppo EconomicoFox Chase Cancer CenterUppsala UniversitetAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroBeckman Research Institute, City of HopeCancer Research UKKWF KankerbestrijdingNIH Office of the DirectorDeutsche KrebshilfeNational Cancer InstituteLandspítali HáskólasjúkrahúsHungarian Scientific Research FundLunds UniversitetSahlgrenska UniversitetssjukhusetNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekNational Breast Cancer FoundationEuropean CommissionMinistère du Développement Économique, de l’Innovation et de l’ExportationNational Institute for Health and Care ResearchUniversity of ChicagoInstituto de Salud Carlos IIIHope Funds for Cancer ResearchRoyal Marsden NHS Foundation TrustMcGill UniversityEuropean Social FundCanadian Breast Cancer Research AllianceState Education Development Agency Republic of LatviaHelsingin ja Uudenmaan SairaanhoitopiiriUniversity of California, San FranciscoMinistero della SaluteNational Health and Medical Research CouncilKansas Bioscience Authority
Mots-clésDNA glycosylaseBiologyMUTYHDNA repairBase excision repairGeneticsSingle-nucleotide polymorphismCancerMutationBreast cancerCancer researchGeneGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) in genes involved in the DNA Base Excision Repair (BER) pathway could be associated with cancer risk in carriers of mutations in the high-penetrance susceptibility genes BRCA1 and BRCA2, given the relation of synthetic lethality that exists between one of the components of the BER pathway, PARP1 (poly ADP ribose polymerase), and both BRCA1 and BRCA2. In the present study, we have performed a comprehensive analysis of 18 genes involved in BER using a tagging SNP approach in a large series of BRCA1 and BRCA2 mutation carriers. 144 SNPs were analyzed in a two stage study involving 23,463 carriers from the CIMBA consortium (the Consortium of Investigators of Modifiers of BRCA1 and BRCA2). Eleven SNPs showed evidence of association with breast and/or ovarian cancer at p<0.05 in the combined analysis. Four of the five genes for which strongest evidence of association was observed were DNA glycosylases. The strongest evidence was for rs1466785 in the NEIL2 (endonuclease VIII-like 2) gene (HR: 1.09, 95% CI (1.03-1.16), p = 2.7 × 10(-3)) for association with breast cancer risk in BRCA2 mutation carriers, and rs2304277 in the OGG1 (8-guanine DNA glycosylase) gene, with ovarian cancer risk in BRCA1 mutation carriers (HR: 1.12 95%CI: 1.03-1.21, p = 4.8 × 10(-3)). DNA glycosylases involved in the first steps of the BER pathway may be associated with cancer risk in BRCA1/2 mutation carriers and should be more comprehensively studied.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,596
Score d'incertitude au seuil0,854

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,255
Écart entre enseignants0,240 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations130
Publié2014
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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