Identification of Residues in DmsD for Twin-Arginine Leader Peptide Binding, Defined through Random and Bioinformatics-Directed Mutagenesis
Notice bibliographique
Résumé
The twin-arginine translocase (Tat) system is used for the targeting and translocation of folded proteins across the cell membrane of most bacteria. Substrates of this system contain a conserved "twin-arginine" (RR) motif within their signal/leader peptide sequence. Many Tat substrates have their own system-specific chaperone called redox enzyme maturation proteins (REMPs). Here, we study the binding of DmsD, the REMP for dimethyl sulfoxide reductase in Escherichia coli, toward the RR-containing leader peptide of the catalytic subunit DmsA. We have used a multipronged approach targeted at the amino acid sequence of DmsD to define residues and regions important for recognition of the DmsA leader sequence. Residues identified through bioinformatics and THEMATICS analysis were mutated using site-directed mutagenesis. These DmsD residue variants were purified and screened with an in vitro dot-blot far-Western assay to analyze the binding to the DmsA leader sequence. Degenerative polymerase chain reaction was also used to produce a bank of random DmsD amino acid mutants, which were then screened by an in vivo bacterial two-hybrid assay. Using this hybrid method, each DmsD variant was classified into one of three groups based on their degree of interaction with the DmsA leader (none, weak, and moderate). The data from both the in vitro and in vivo analyses were then applied to a model structure of DmsD based on the crystal structure of the Salmonella typhimurium homologue. Our results illustrate the positions of important DmsD residues involved in binding the DmsA leader peptide and identify a "hot pocket" of residues important for leader binding on the structure of DmsD.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».