Covarion Shifts Cause a Long-Branch Attraction Artifact That Unites Microsporidia and Archaebacteria in EF-1α Phylogenies
Notice bibliographique
Résumé
Microsporidia branch at the base of eukaryotic phylogenies inferred from translation elongation factor 1alpha (EF-1alpha) sequences. Because these parasitic eukaryotes are fungi (or close relatives of fungi), it is widely accepted that fast-evolving microsporidian sequences are artifactually "attracted" to the long branch leading to the archaebacterial (outgroup) sequences ("long-branch attraction," or "LBA"). However, no previous studies have explicitly determined the reason(s) why the artifactual allegiance of microsporidia and archaebacteria ("M + A") is recovered by all phylogenetic methods, including maximum likelihood, a method that is supposed to be resistant to classical LBA. Here we show that the M + A affinity can be attributed to those alignment sites associated with large differences in evolutionary site rates between the eukaryotic and archaebacterial subtrees. Therefore, failure to model the significant evolutionary rate distribution differences (covarion shifts) between the ingroup and outgroup sequences is apparently responsible for the artifactual basal position of microsporidia in phylogenetic analyses of EF-1alpha sequences. Currently, no evolutionary model that accounts for discrete changes in the site rate distribution on particular branches is available for either protein or nucleotide level phylogenetic analysis, so the same artifacts may affect many other "deep" phylogenies. Furthermore, given the relative similarity of the site rate patterns of microsporidian and archaebacterial EF-1alpha proteins ("parallel site rate variation"), we suggest that the microsporidian orthologs may have lost some eukaryotic EF-1alpha-specific nontranslational functions, exemplifying the extreme degree of reduction in this parasitic lineage.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».