Group A Streptococcus emm Gene Types in Pharyngeal Isolates, Ontario, Canada, 2002–2010
Notice bibliographique
Résumé
Group A Streptococcus (GAS) is a human-adapted pathogen that causes a variety of diseases, including pharyngitis and invasive infections.GAS strains are categorized by variation in the nucleotide sequence of the gene (emm) that encodes the M protein.To identify the emm types of GAS strains causing pharyngitis in Ontario, Canada, we sequenced the hypervariable region of the emm gene in 4,635 pharyngeal GAS isolates collected during 2002-2010.The most prevalent emm types varied little from year to year.In contrast, fi ne-scale geographic analysis identifi ed inter-site variability in the most common emm types.Additionally, we observed fl uctuations in yearly frequency of emm3 strains from pharyngitis patients that coincided with peaks of emm3 invasive infections.We also discovered a striking increase in frequency of emm89 strains among isolates from patients with pharyngitis and invasive disease.These fi ndings about the epidemiology of GAS are potentially useful for vaccine research.G roup A Streptococcus (GAS) is a gram-positive bacterial pathogen responsible for ≈600 million cases of pharyngitis each year worldwide (1).The widespread prevalence of this disease results in considerable costs, estimated to exceed $200 million annually in the United States alone (2).In addition to acute pharyngitis, GAS causes several other human diseases, ranging from relatively mild to more severe, such as necrotizing fasciitis, soft tissue infections, glomerulonephritis, acute rheumatic fever, and streptococcal toxic shock syndrome.Thus, infections caused by GAS are a major public health concern in the United States and Canada and throughout the world.GAS strains are classifi ed mainly on the basis of variation in a cell-surface molecule known as M protein, encoded by the emm gene (3,4).M protein is a critical virulence factor and a major site of the human antibody response against GAS.M type-specifi c immunity develops in persons recovering from some GAS infections (5,6).As a result, the portion of the emm gene that encodes the amino-terminal 100 residues of M protein is under strong diversifying selection pressure, and this region is hypervariable in terms of GAS types (7).Currently, >120 distinct emm types of GAS are recognized.Despite the considerable diversity of emm types of GAS isolates, epidemiologic studies have found that relatively few emm types tend to predominate within a local population; most isolates are composed of a small number of emm types (8,9).In distinct geographic areas, the predominant emm types often vary in frequency from year to year for reasons not fully understood.In addition, sizeable outbreaks can be caused by strains of a single emm type or of a small number of emm types.Overall, this combination of factors results in a complex epidemiologic situation for GAS pharyngitis.Recently, vaccine candidates have been identifi ed in an effort to reduce the prevalence of GAS disease and the number of human deaths it causes (10).Some of these experimental vaccines are based on the amino-terminus of Group A Streptococcus emm Gene Types in Pharyngeal Isolates, Ontario, Canada, 2002-2010
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».