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Enregistrement W2134166204

Le coronavirus du SRAS : mosaïque de recombinaisons génétiques ¡

2004· article· fr· W2134166204 sur OpenAlexaboutno aff
Sylvie Pillet

Notice bibliographique

RevueVirologie · 2004
Typearticle
Languefr
DomaineMedicine
ThématiqueViral gastroenteritis research and epidemiology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyMolecular biologyVirologyHumanitiesPhilosophy
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Auteur(s) : S. Pillet Laboratoire de bacteriologie-virologie, Hopital Nord, CHU, Saint-Etienne Les virus a ARN ont la capacite de muter et de se recombiner, favorisant ainsi l’emergence de variants echappant au systeme immunitaire de l’hote infecte et aux traitements antiviraux, comme on l’observe par exemple avec le virus de l’immunodeficience humaine. Il est egalement etabli que les enterovirus sont constitues d’une mosaique de « sequences enterovirales » et les recombinaisons entre enterovirus, et plus particulierement entre souches de poliovirus « sauvages » et « vaccinales », sont tres frequentes. Les recombinaisons genetiques entre differentes souches de virus influenza, en particulier au niveau des genes codant la neuraminidase et l’hemagglutinine, permettent egalement l’emergence de nouvelles souches qui peuvent donner lieu a des epidemies, voire meme des pandemies comme celle associee a la grippe espagnole de 1918 responsable de millions de morts. La promiscuite de differents hotes (oiseaux sauvages, volaille, porc et homme) infectes par differents virus grippaux favorise le reassortiment des differents fragments du genome viral et la formation de nouveaux virus susceptibles d’infecter l’homme : les virus de la « grippe aviaire » (sous-types H5N1 et H7N7) qui circulent actuellement chez les volailles pourraient ainsi constituer une menace de pandemie si les modifications (reassortiments, recombinaisons et/ou mutations) necessaires a leur transmission efficace d’homme a homme se produisaient. Un autre virus a reussi son passage de l’animal a l’homme et a fait de nombreuses victimes au cours de l’hiver 2002-2003 : le coronavirus responsable du syndrome respiratoire aigu severe (SRAS) [1, 2]. Le reservoir de ce nouveau virus est actuellement inconnu ; cependant, il semble que les nombreux animaux vivants echanges sur les marches en Chine pourraient constituer de bons candidats. Les nombreuses etudes realisees sur ce nouveau virus ont montre qu’il ne derive pas directement de coronavirus humains ou animaux connus et pourrait donc etre classe dans un nouveau groupe taxonomique au sein des coronavirus [2]. Le sequencage et l’analyse phylogenique de plusieurs regions du genome viral par une equipe canadienne suggerent cependant que ce virus est constitue d’une mosaique de sequences nucleotidiques issues de coronavirus animaux (oiseaux et mammiferes de type felin), plus particulierement au niveau du gene S qui code la glycoproteine d’enveloppe impliquee dans la liaison du virus a la cellule hote [3]. Le coronavirus responsable du SRAS serait issu de la recombinaison entre plusieurs virus animaux ; la modification du tropisme de ce virus recombinant aurait ainsi favorise son adaptation a l’homme. L’isolement du ou des reservoirs animaux de ce nouveau virus permettra de confirmer cette hypothese. References 1. Stella Cuervo N. SARS ou pneumonie atypique severe aigue : une epidemie privilegiee du XXIe siecle. Virologie 2003 ; 7 : 222-4. 2. Vabret A. Coronavirus : une emergence reussie. Virologie 2003 ; 7 : 237-41. 3. Stavrinides J, Guttman DS. Mosaic evolution of the severe acute respiratory syndrome coronavirus. J Virol 2004 ; 78 : 76-82.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,239
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,056
Tête enseignante GPT0,354
Écart entre enseignants0,298 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2004
Routes d'admission1
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