Bibliographic record
Abstract
Auteur(s) : S. Pillet Laboratoire de bacteriologie-virologie, Hopital Nord, CHU, Saint-Etienne Les virus a ARN ont la capacite de muter et de se recombiner, favorisant ainsi l’emergence de variants echappant au systeme immunitaire de l’hote infecte et aux traitements antiviraux, comme on l’observe par exemple avec le virus de l’immunodeficience humaine. Il est egalement etabli que les enterovirus sont constitues d’une mosaique de « sequences enterovirales » et les recombinaisons entre enterovirus, et plus particulierement entre souches de poliovirus « sauvages » et « vaccinales », sont tres frequentes. Les recombinaisons genetiques entre differentes souches de virus influenza, en particulier au niveau des genes codant la neuraminidase et l’hemagglutinine, permettent egalement l’emergence de nouvelles souches qui peuvent donner lieu a des epidemies, voire meme des pandemies comme celle associee a la grippe espagnole de 1918 responsable de millions de morts. La promiscuite de differents hotes (oiseaux sauvages, volaille, porc et homme) infectes par differents virus grippaux favorise le reassortiment des differents fragments du genome viral et la formation de nouveaux virus susceptibles d’infecter l’homme : les virus de la « grippe aviaire » (sous-types H5N1 et H7N7) qui circulent actuellement chez les volailles pourraient ainsi constituer une menace de pandemie si les modifications (reassortiments, recombinaisons et/ou mutations) necessaires a leur transmission efficace d’homme a homme se produisaient. Un autre virus a reussi son passage de l’animal a l’homme et a fait de nombreuses victimes au cours de l’hiver 2002-2003 : le coronavirus responsable du syndrome respiratoire aigu severe (SRAS) [1, 2]. Le reservoir de ce nouveau virus est actuellement inconnu ; cependant, il semble que les nombreux animaux vivants echanges sur les marches en Chine pourraient constituer de bons candidats. Les nombreuses etudes realisees sur ce nouveau virus ont montre qu’il ne derive pas directement de coronavirus humains ou animaux connus et pourrait donc etre classe dans un nouveau groupe taxonomique au sein des coronavirus [2]. Le sequencage et l’analyse phylogenique de plusieurs regions du genome viral par une equipe canadienne suggerent cependant que ce virus est constitue d’une mosaique de sequences nucleotidiques issues de coronavirus animaux (oiseaux et mammiferes de type felin), plus particulierement au niveau du gene S qui code la glycoproteine d’enveloppe impliquee dans la liaison du virus a la cellule hote [3]. Le coronavirus responsable du SRAS serait issu de la recombinaison entre plusieurs virus animaux ; la modification du tropisme de ce virus recombinant aurait ainsi favorise son adaptation a l’homme. L’isolement du ou des reservoirs animaux de ce nouveau virus permettra de confirmer cette hypothese. References 1. Stella Cuervo N. SARS ou pneumonie atypique severe aigue : une epidemie privilegiee du XXIe siecle. Virologie 2003 ; 7 : 222-4. 2. Vabret A. Coronavirus : une emergence reussie. Virologie 2003 ; 7 : 237-41. 3. Stavrinides J, Guttman DS. Mosaic evolution of the severe acute respiratory syndrome coronavirus. J Virol 2004 ; 78 : 76-82.
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How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.001 |
| Open science | 0.000 | 0.001 |
| Research integrity | 0.001 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.005 | 0.002 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".