Analysis of the Human Lumican Gene Promoter
Notice bibliographique
Résumé
The human lumican gene was shown to possess one major transcription start site, resulting in exon 1 of the gene giving rise to the first 74 base pairs (bp) of the 5'-untranslated region. About 1.6 kilobase pairs of upstream promoter sequence were sequenced and analyzed to identify elements responsible for gene expression. No typical TATAA sequence was identified in the vacinity of the transcription start site, but an atypical TATCA sequence residing 41 bp upstream was shown to be necessary for transcription, although it was incapable of supporting transcription by itself. A GC box residing 74 bp upstream of the transcription start site also was essential for the initiation of transcription. Sp3 was identified as the transcriptional activator binding to the GC box. No additional elements that significantly modulated transcription were noted in the promoter sequence analyzed, when using human adult chondrocytes as the cell source for transfection in reporter assays. In contrast, reporter assays carried out in human fetal lung fibroblasts, where lumican expression is deplete, revealed the presence of a repressor element located between 384 and 598 bp upstream of the transcription start site. A GATA-binding site located between bp -386 and -391 was identified as being necessary for repression of transcription. The mouse lumican promoter does not possess an equivalent site, and this may explain why the lumican gene is expressed in fetal murine cartilage but not in fetal human cartilage.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».