A PAS domain within F plasmid TraJ is critical for its function as a transcriptional activator
Notice bibliographique
Résumé
TraJ is the positive activator of the major transfer operon in the F plasmid of Escherichia coli that counteracts H-NS silencing at the main transfer promoter (P(Y)). Multiple sequence alignment revealed a putative PAS (Per-ARNT-Sim) domain that might be involved in sensing redox potential or energy levels in the cell. This domain, which contains a conserved PXCXR motif along with a C(X)(9-10)CR/N/K motif of variable position, was identified within the N-terminal region of TraJ orthologues including F TraJ. The 5 cysteine residues in F TraJ were changed to serine to give protein with single or multiple substitutions. Single C to S substitutions had little effect on mating efficiency (ME), whereas cumulative substitutions from the N- to the C-termini (2CS to 5CS) gradually reduced ME to undetectable levels. F TraJ was able to bind to Fe (III) on an affinity sorbent column. This feature was severely impaired for the 5CS mutant. Thus, the cysteine residues within the PAS domain could be the part of a metal-containing redox centre that plays a key role in the transcriptional activation of the P(Y) operon by TraJ.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».