Proteomic analysis of urine from proteinuric patients shows a proteolitic activity directed against albumin
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Nephrotic syndrome is a condition that is clinically associated with poor outcome. In this study, we compared different techniques of urine sample preparation in order to develop a robust analytical protocol to define the differential urinary proteome of urinary abnormalities compared to nephrotic proteinuria. METHODS: We recruited 5 normal control subjects, 16 patients with urinary abnormalities and 16 patients with nephrotic syndrome. Proteins from normal urine were processed using three different protocols [acetone, ultrafiltration and trichloroacetic acid (TCA) precipitation], depletion of albumin and IgGs and then analysed by two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (2D-PAGE) gels and mass spectrometry. RESULTS: Comparing the three extraction methods by visual inspection of gels after 2D gel electrophoresis, the acetone precipitation and TCA methods yielded the best quality of protein extraction, while the acetone precipitation method was the most efficient. Furthermore, we tested three commercial kits for albumin and IgG depletion. We applied the optimized acetone extraction protocol to compare urinary samples from nephrotic patients (NP) to urinary samples obtained from patients presenting with urinary abnormalities (UAP). We observed a proteolytic activity directed against albumin. This observation was more prevalent in urinary samples from NP than from UAP. Within both groups, there was some inter-individual variability in the observed proteolytic activity. An increased concentration of alpha1 antitrypsin was also observed in urine of NP. We analysed albumin fragmentation by 1D and 2D western blots in the same samples skipping the albumin and IgG depletion steps to avoid the possible confound of albumin fragment removal. The analysis confirmed a stronger proteolytic activity in the nephrotic group. CONCLUSIONS: The proteolytic activity against albumin and the anti-proteolytic activity of alpha1 antitrypsin are likely linked and could play an important role in the nephrotic process. If replicated in larger samples, this methodology may lead to a better understanding of the underlying pathophysiological process of nephrotic syndrome.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».