Directed evolution of a -glycosidase from Agrobacterium sp. to enhance its glycosynthase activity toward C3-modified donor sugars
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Glycans bearing modified hydroxyl groups are common in biology but because these modifications are added after assembly, enzymes are not available for the transfer and coupling of hydroxyl-modified monosaccharide units. Access to such enzymes could be valuable, particularly if they can also introduce 'bio-orthogonal tags'. Glycosynthases, mutant glycosidases that synthesize glycosides using glycosyl fluoride donors, are a promising starting point for creation of such enzymes through directed evolution. Inspection of the active site of a homology model of the GH1 Agrobacterium sp. β-glycosidase, which has both glucosidase and galactosidase activity, identified Q24, H125, W126, W404, E411 and W412 as amino acids that constrain binding around the 3-OH group, suggesting these residues as targets for mutation to generate an enzyme capable of handling 3-O-methylated sugars. Site-directed saturation mutagenesis at these positions within the wild-type β-glycosidase gene and screening via an on-plate assay yielded two mutants (Q24S/W404L and Q24N/W404N) with an improved ability to hydrolyze 4-nitrophenyl 3-O-methyl-β-D-galactopyranoside (3-MeOGal-pNP). Translation of these mutations into the evolved glycosynthase derived from the same glucosidase (2F6) yielded glycosynthases (AbgSL-T and AbgNN-T, where T denotes transferase) capable of forming 3-O-methylated glucosides on multi-milligram scales at rates approximately 5 and 40 times greater, respectively, than the parent glycosynthase.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle