A comparison of two DNA barcode markers for species discrimination in the red algal family Kallymeniaceae (Gigartinales, Florideophyceae), with a description of <i>Euthora timburtonii</i> sp. nov.
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Accurate identification of many red algae to the species level using only morphological characters can be difficult. The emerging field of “molecular-assisted alpha taxonomy” can greatly alleviate this issue. In this approach, a large number of specimens are sequenced for a standard DNA marker as a first step to genetic species assignment, followed by detailed morphological observations. Regions of both the mitochondrial cytochrome c oxidase I gene (COI-5P) and the plastid 23S rRNA gene (UPA) have been proposed as DNA barcode markers to accomplish this task. We compared the utility of each marker as a species identification tool using members of the marine red algal family Kallymeniaceae from British Columbia, Canada. Our results indicate that COI-5P is a more sensitive marker for delimiting species, but that it can be difficult to acquire clean amplification products for many isolates of Kallymeniaceae, owing to biological contamination. This problem can be overcome by using specific primers. UPA, on the other hand, has universal primers that work in diverse lineages (e.g., red, brown, and green algae), but lower interspecific sequence variation, which has the potential to underestimate species diversity, although this was not observed in our study. During our survey, we uncovered a new species of the Kallymeniaceae, Euthora timburtonii Clarkston et G.W. Saunders sp. nov., which we describe here.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle