Detection and characterization of novel flaviviruses from Southeast Asia: their potential role in human health
Notice bibliographique
Résumé
Background: With the emergence and re-emergence of arthropod-borne diseases throughout the world, it is critical to be able to detect arthropod-transmitted pathogens in a timely manner. Standardized field-diagnostic protocols for identifying arthropod-borne pathogens within any given region of the world are indispensable tools for obtaining real-time information for health-care providers and preventive medicine specialists in field settings. Throughout the last decade, vector surveillance groups from around the world have identified multiple viruses that seem to only infect mosquitoes. These mosquito flaviviruses (also termed Aedes and Culex flaviviruses: CxFVs) have been found in the United States, Canada, China, Italy, Trinidad, Uganda, Mexico, Vietnam, and Brazil. Three of the more recent virus isolations were identified from Finland (Lammi virus), Cote d’Ivoire (Nounané virus), and Canada and the U.S. (Calbertado virus).. Methods: From 2001 to 2011, we conducted field studies in Thailand to evaluate newly developed field assays and equipment sets. Mosquito pools were screened using RT-PCR and resulted in the identification of 53 potential insect-only flaviviruses isolated from the mosquito genera: Anopheles, Aedes, Armigeres, Coquillettidia, Mansonia, Uranotaenia, and Culex species. Results: From the 2011 study: nine CxFVs, two Wang Thong viruses, and two Quang Binh viruses were detected and isolated from seven different mosquito species. Five additional viruses were detected and were partially sequenced and were found to be only 77.1% to 83.1% homologous to their closest matches. Phylogenetic analysis of the five unidentified viruses revealed that they belonged to two different clades, closest in proximity to QBV, but may be distal enough to be novel Flavivirus species. Conclusion: The role of insect flaviviruses in the fitness of the mosquito and its ability to vector other viruses has yet to be determined. These insect flaviviruses may also pose issues for those involved in developing diagnostic assays because they may cross-react with viruses of medical importance, resulting in false positives. Additional studies of these viruses are needed to determine their role in animal and human health and to better understand their role in nature. The phylogenetic relationships among these viruses, their mosquito hosts, and their possible role in causing human disease will be presented.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».