LENGTH POLYMORPHISMS IN AN INTRON OF AMINOPEPTIDASE N PROVIDE A USEFUL NUCLEAR DNA MARKER FOR LITTORINA SPECIES (CAENOGASTROPODA)
Notice bibliographique
Résumé
Studies of population genetic structure and hybridization among ecotypes of Littorina require both mitochondrial and nuclear markers, yet relatively few nuclear markers have been described. We used universal PCR primers for aminopeptidase N that were originally developed for the Pacific oyster, to amplify the gene in Littorina subrotundata. Three different sized PCR products (320 bp, 460 bp and 720 bp) were obtained and identified as three different proteins containing the zinc‐binding motif HEXXHXW, characteristic of aminopeptidase N. We chose the locus with the longest intron, APN54, and designed primers in the flanking exon sequence that were specific for locus APN54 for Littorina species. The Littorina‐specific primers successfully amplified only the APN54 locus in all seven species of Littorina tested and showed considerable between‐ and within‐species polymorphism in intron sequence and length. We present data from two populations of two different species, L. subrotundata and L. sitkana, that show our new nuclear marker has two or three common alleles per locus and is therefore an especially efficient population marker for small sample sizes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».