DNA Barcodes Suggest Cryptic Speciation in<i>Dasineura oxycoccana</i>(Diptera: Cecidomyiidae) on Cranberry,<i>Vaccinium macrocarpon</i>, and Blueberry,<i>V. corymbosum</i>
Notice bibliographique
Résumé
Dasineura oxycoccana (Johnson) (Diptera: Cecidomyiidae) from cranberry Vaccinium macrocarpon is similar morphologically to D. oxycoccana from blueberry V. corymbosum, but a recent study revealed that individuals from cranberry do not mate with those from blueberry. To seek genetic differences between D. oxycoccana from cranberry (common name cranberry tipworm) and from blueberry (common name blueberry gall midge), we compared a 559-bp region of the mitochondrial cytochrome oxidase I (COI) gene from 65 individuals. Analysis of the COI sequences based on general time reversible with gamma distribution (GTRG) distance model revealed 10.7–13.1% divergence between cranberry tipworm and blueberry gall midge, whereas little divergence was observed within cranberry tipworm (0– 1.2%) or blueberry gall midge (0–1.3%) sequences. In neighbour-joining analysis, conducted for species identification, blueberry gall midge sequences generated in this study clustered with known D. oxycoccana sequences from National Council of Biotechnology (NCBI), but the cranberry tipworm sequences grouped into a separate cluster. To identify and discriminate cranberry tipworm and blueberry gall midge, we developed diagnostic PCR primers based on COI sequence differences. In a duplex PCR assay, these primers successfully discriminated D. oxycoccana originating from cranberry or blueberry. The concordance between data from our genetic studies and data from mating experiments by Cook et al. (2011) suggests cryptic speciation in D. oxycoccana populations on cranberry and blueberry.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».