Genome-Wide Association Study of Coronary Heart Disease and Its Risk Factors in 8,090 African Americans: The NHLBI CARe Project
Notice bibliographique
Résumé
Coronary heart disease (CHD) is the leading cause of mortality in African Americans. To identify common genetic polymorphisms associated with CHD and its risk factors (LDL- and HDL-cholesterol (LDL-C and HDL-C), hypertension, smoking, and type-2 diabetes) in individuals of African ancestry, we performed a genome-wide association study (GWAS) in 8,090 African Americans from five population-based cohorts. We replicated 17 loci previously associated with CHD or its risk factors in Caucasians. For five of these regions (CHD: CDKN2A/CDKN2B; HDL-C: FADS1-3, PLTP, LPL, and ABCA1), we could leverage the distinct linkage disequilibrium (LD) patterns in African Americans to identify DNA polymorphisms more strongly associated with the phenotypes than the previously reported index SNPs found in Caucasian populations. We also developed a new approach for association testing in admixed populations that uses allelic and local ancestry variation. Using this method, we discovered several loci that would have been missed using the basic allelic and global ancestry information only. Our conclusions suggest that no major loci uniquely explain the high prevalence of CHD in African Americans. Our project has developed resources and methods that address both admixture- and SNP-association to maximize power for genetic discovery in even larger African-American consortia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».