Novel Staphylococcal Cassette Chromosome <i>mec</i> Type, Tentatively Designated Type VIII, Harboring Class A <i>mec</i> and Type 4 <i>ccr</i> Gene Complexes in a Canadian Epidemic Strain of Methicillin-Resistant <i>Staphylococcus aureus</i>
Notice bibliographique
Résumé
Staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) is a mobile genetic element characterized by flanking terminal direct and, in most cases, inverted repeat sequences, the mec and ccr gene complexes, and their surrounding DNA regions. Unique combinations of the mec and ccr gene complexes generate various SCCmec types. Six SCCmec types have been reported to date. We describe here a novel SCCmec type identified in a Canadian methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) epidemic strain. MRSA clinical isolates were screened for known SCCmec types by multiplex and conventional PCR methods. Three phenotypically and genotypically identical MRSA clinical isolates with a pulsotype identical to CMRSA9 were identified locally and found to be nontypeable by available SCCmec typing schemes. Complete sequencing of the SCCmec element revealed a nucleotide fragment of 32,168 bp integrated at an identical chromosomal integration site (attBscc) at the 3' end of the orfX gene. The nucleotide sequences at the chromosome-SCCmec junction regions were typical of other SCCmec types, but the element harbored a unique combination of class A mec and type 4 ccr gene complexes. Sequence recombination analysis suggested that this unique SCCmec type may be derived from homologous recombination between the previously described SCC(RP62A) of S. epidermidis strain RP62A and SCC composite island of S. epidermidis ATCC 12228, respectively, or via recombination of other staphylococcal strains that carry the same or similar mobile cassettes. We identified a previously undescribed type of SCCmec from isolate C10682, tentatively designated type VIII, and we provide compelling evidence supporting the ability of SCC elements to transfer horizontally or undergo recombination to generate new SCCmec types.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».