MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2142443435 · doi:10.1002/pro.2586

Quaternary structure of <scp>W</scp>zzB and <scp>W</scp>zzE polysaccharide copolymerases

2014· article· en· W2142443435 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueProtein Science · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineMaterials Science
ThématiqueEnzyme Structure and Function
Établissements canadiensUniversity of SaskatchewanMcGill University
Organismes subventionnairesArgonne National LaboratoryNational Research Council CanadaWestern Economic Diversification CanadaCanadian Institutes of Health ResearchNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaMcGill UniversityUniversity of SaskatchewanCanadian Light Source
Mots-clésChemistryPeriplasmic spaceGlycanMolecular massSize-exclusion chromatographyProtein subunitCrystallographyPolysaccharideProtein quaternary structureBiochemistryEscherichia coliEnzymeGlycoproteinGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Bacteria have evolved cellular control mechanisms to ensure proper length specification for surface-bound polysaccharides. Members of the Polysaccharide Copolymerase (PCP) family are central to this process. PCP-1 family members are anchored to the inner membrane through two transmembrane helices and contain a large periplasm-exposed domain. PCPs are known to form homooligomers but their exact stoichiometry is controversial in view of conflicting structural and biochemical data. Several prior investigations addressing this question indicated a nonameric, hexameric, or tetrameric organization of several PCP-1 family members. In this work, we gathered additional evidence that E.coli WzzB and WzzE PCPs form octameric homo-oligomeric complexes. Detergent-solubilized PCPs were purified to homogeneity and subjected to blue native gel analysis, which indicated the presence of a predominant high-molecular product of over 500 kDa in mass. Molecular mass of WzzE and WzzB-detergent oligomers was estimated to be 550 kDA by size-exclusion coupled to multiangle laser light scattering (SEC-MALLS). Oligomeric organization of purified WzzB and WzzE was further investigated by negative stain electron microscopy and by X-ray crystallography, respectively. Analysis of EM-derived molecular envelope of WzzB indicated that the full-length protein is composed of eight protomers. Crystal structure of LDAO-solubilized WzzE was solved to 6 Å resolutions and revealed its octameric subunit stoichiometry. In summary, we identified a possible biological unit utilized for the glycan chain length determination by two PCP-1 family members. This provides an important step toward further unraveling of the mechanistic basis of chain length control of the O-antigen and the enterobacterial common antigen.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,230
Écart entre enseignants0,221 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle