POSITIVE DARWINIAN SELECTION: DOES THE COMPARATIVE METHOD RULE?
Notice bibliographique
Résumé
To detect positive Darwinian selection it is thought essential to compare two sequences. Despite its defects, "the comparative method rules." However, genes evolving rapidly under positive selection conflict more with internal forces (the genome phenotype) than genes evolving slowly under negative selection. In particular, there is conflict with stem-loop potential. The conflict between protein-encoding potential (primary information) and stem-loop potential (secondary information) permits detection of positive selection in a single sequence. The degree to which secondary information is compromised provides a measure of the speed of transmission of primary information. Thus, the sovereignty of the comparative method is challenged not only by its own defects, but also by the availability of a single-sequence method. However, while of limited utility for positive selection, the comparative method casts new light on Darwin's great question — the origin of species. Comparison of rates of synonymous and non-synonymous mutation suggests that branching into new species begins with synonymous mutations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,115 | 0,217 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,005 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,024 |
| Communication savante | 0,006 | 0,020 |
| Science ouverte | 0,006 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,008 | 0,012 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».