Phylogenetic analysis of sporadic hepatitis E virus in Eastern China
Notice bibliographique
Résumé
Background: Recently, evidence for the existence of hepatitis E virus (HEV) was reported all over the mainland of China. The number of acute sporadic hepatitis E cases increased annually and small outbreaks happened more frequently, probably due to food-borne transmission. The phylogenetic characteristics of the circulating HEV worth further understanding. Methods: A total of 413 serum samples were collected from acute sporadic hepatitis E patients in 14 hospitals in Eastern China from 2005 to 2008 under informed consent. All the samples were detected with a nested RT-PCR assay for HEV RNA, and a 150-nt fragment within HEV ORF2 region was sequenced for phylogenetic analysis using Neighbor-Joining method with reference HEV sequences from the GenBank. Results: The ratio of male to female was 1.75: 1 among all the patients. The majority (61.5%) of them was 40-69 years old, with an average age of 50 ± 16 years old. 140 out of 413 (34.0%) sera were positive in HEV RNA, and all the isolates were sequenced subsequently. Phylogenetic analysis revealed that all these isolates belonged to genotype-IV with much high similarities, sharing 77.9%-88.3%, 80.8%-90.6%, 73.4%-85.2% and 91.0%-95.4% nucleotide identities with prototype I (D10330, Burma; D11092, China; X98292, India; AY230202, Morocco; AY204877, Chad), II (M74506, Mexico), III (AB089824, AB189070, Japan; AY115488, Canada) and IV (AB097812, AY594199, AB108537, China) HEV strains, respectively. Those isolates could be further divided into six clusters within genotype IV, but no obvious geographical difference was observed among the clusters. Conclusion: It is evident that genotype-IV HEV had been the principle causative agent of acute sporadic HEV infection for human in Eastern China. Abstracts for SupplementInternational Journal of Infectious DiseasesVol. 14Preview Full-Text PDF Open Archive
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».