A Novel Polyubiquitin Structure in Cercozoa and Foraminifera: Evidence for a New Eukaryotic Supergroup
Notice bibliographique
Résumé
Ubiquitin is a 76 amino acid protein with a remarkable degree of evolutionary conservation. Ubiquitin plays an essential role in a large number of eukaryotic cellular processes by targeting proteins for proteasome-mediated degradation. Most ubiquitin genes are found as head-to-tail polymers whose products are posttranslationally processed to ubiquitin monomers. We have characterized polyubuiquitin genes from the photosynthetic amoeboflagellate Chlorarachnion sp. CCMP 621 (also known as Bigelowiella natans) and found that they deviate from the canonical polyubiquitin structure in having an amino acid insertion at the junction between each monomer, suggesting that polyubiquitin processing in this organism is unique among eukaryotes. The gene structure indicates that processing likely cleaves monomers at the amino terminus of the insertion. We examined the phylogenetic distribution of the insertion by sequencing polyubiquitin genes from several other eukaryotic groups and found it to be confined to Cercozoa (including Chlorarachnion, Lotharella, Cercomonas, and Euglypha) and Foraminifera (including Reticulomyxa and Haynesina). This character strongly suggests that Cercozoa and Foraminifera are close relatives and form a new "supergroup" of eukaryotes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».