3-Methylcholanthrene Induces Differential Recruitment of Aryl Hydrocarbon Receptor to Human Promoters
Notice bibliographique
Résumé
The aryl hydrocarbon receptor (AHR) is a ligand-activated protein that mediates the toxic actions of polycyclic aromatic and halogenated compounds. Identifying genes directly regulated by AHR is important in understanding the pathways regulated by this receptor. Here we used the techniques of chromatin immunoprecipitation and DNA microarrays (ChIP-chip) to detect AHR-bound genomic regions after 3-methylcholanthrene (3MC) treatment of T-47D human breast cancer cells. We identified 241 AHR-3MC-bound regions, and transcription factor-binding site analysis revealed a strong overrepresentation of the AHR-responsive element. Conventional ChIP confirmed recruitment of AHR to 26 regions with target gene responses to 3MC varying from activation to inhibition to having no effect. A comparison of identified AHR-3MC-bound regions with AHR-2,3,7,8-tetrchlorodibenzo-p-dioxin (TCDD)-bound regions from our previous study (Ahmed, S., Valen, E., Sandelin, A., and Matthews, J. (2009). Toxicol. Sci. 111, 254-266) revealed that 127 regions were common between the data sets. Time course ChIPs for six of the regions showed that 3MC induced gene-specific changes in histone H3 acetylation and methylation and induced differential oscillatory binding of AHR, with a periodicity between 1.5 and 2 h. Re-treatment of cells with 3MC failed to alter the oscillatory binding profiles of AHR or aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator. Cells became responsive to 3MC but not TCDD after 24 h of exposure to 3MC, highlighting important differences in AHR responsiveness between the two ligands. Our results reveal a number of novel AHR-bound promoter regions and target genes that exhibit differential kinetic binding profiles and regulation by AHR.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,012 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».