Differentiation of European and North American genotypes of <i>Phytophthora ramorum</i> by real-time polymerase chain reaction primer extension
Notice bibliographique
Résumé
Phytophthora ramorum, the organism responsible for sudden oak death, causes severe damage to oak (Quercus spp.) and tanoak (Lithocarpus densiflorus) trees in California and Oregon.There are now >100 host plants that can be affected by this pathogen in nurseries and in the wild in Europe and North America.Molecular diagnosis and genotyping are important tools to monitor and prevent spread of this pathogen, to enforce quarantines, and to support eradication programs.By amplifying and sequencing DNA in a worldwide panel of strains of P. ramorum, we discovered singlenucleotide polymorphisms (SNP) in two genes (-tubulin and cellulose binding elicitor lectin (CBEL)) that differ in the European and the North American P. ramorum isolates.Using these SNPs in diagnostic assays and distinguishing among strains of different geographic origins, we developed primer extension assays in real-time polymerase chain reaction using allele-specific oligonucleotides.All European isolates genotyped were homozygous for the SNP at position 279 in the tubulin gene (-tub279; G/G) but heterozygous at position 858 (-tub858; A/G).By contrast, all the California isolates were heterozygous for -tub279 (T/G) but homozygous for -tub858 (A/A).For CBEL, all European isolates were heterozygous for the SNPs at position 245 (CBEL245; G/C) and 412 (CBEL412; G/A), but the California samples were homozygous at both SNP loci CBEL245 (G/G) and CBEL412 (G/G).This assay was also used directly on DNA extracted from the ELISA lysates from field samples collected in British Columbia in 2005 by the Canadian Food Inspection Agency.Although most samples had the North American DNA profiles, there were several samples with the European profiles from the nurseries.This finding could provide information on the biology, epidemiology, etiology, host range, and populations of P. ramorum from North America and Europe and provide useful tools in P. ramorum surveys.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».