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Enregistrement W2144247882 · doi:10.1093/hmg/ddr388

Common variants of the BRCA1 wild-type allele modify the risk of breast cancer in BRCA1 mutation carriers

2011· article· en· W2144247882 sur OpenAlexafffund
David G. Cox, Jacques Simard, Daniel Sinnett, Yosr Hamdi, Penny Soucy, Manon Ouimet, Laure Barjhoux, Carole Verny-Pierre, Lesley McGuffog, Sue Healey, Csilla I. Szabo, Mark H. Greene, Irene L. Andrulis, Mads Thomassen, Anne‐Marie Gerdes, Maria A. Caligo, Eitan Friedman, Yael Laitman, Bella Kaufman, Shani Shimon Paluch, Åke Borg, Per Karlsson, Marie Stenmark Askmalm, Gisela Barbany Bustinza, Katherine L. Nathanson, Susan M. Domchek, Timothy R. Rebbeck, Javier Benı́tez, Ute Hamann, Matti A. Rookus, Ans M.W. van den Ouweland, Margreet G.E.M. Ausems, Cora M. Aalfs, Christi J. van Asperen, Peter Devilee, Hans J. J. P. Gille, D. Gareth Evans, Rosalind A. Eeles, Louise Izatt, Andrew K. Godwin, Marie-Alice Remon, Virginie Moncoutier, Marion Gauthier‐Villars, Christine Lasset, Sophie Giraud, Agnès Hardouin, Hagay Sobol, François Eisinger, Brigitte Bressac–de Paillerets, Olivier Caron, Capucine Delnatte, David E. Goldgar, Alex Miron, Hilmi Özçelik, Saundra S. Buys, Melissa C. Southey, Mary Beth Terry, Christian F. Singer, Anne-Catharina Dressler, Muy‐Kheng M. Tea, Thomas van Overeem Hansen, Óskar Þór Jóhannsson, Marion Piedmonte, Gustavo C. Rodriguez, Jack Basil, Stephanie V. Blank, Amanda E. Toland, Marco Montagna, Claudine Isaacs, Ignacio Blanco, Simon A. Gayther, Kirsten B. Moysich, Rita K. Schmutzler, Barbara Wappenschmidt, Christoph Engel, Alfons Meindl, Nina Ditsch, Norbert Arnold, Dieter Niederacher, Christian Sutter, Dorothea Gadzicki, Britta Fiebig, Rachel Laframboise, Heli Nevanlinna, Jonathan Beesley, Amanda B. Spurdle, Susan L. Neuhausen, Yuan Chun Ding, Fergus J. Couch, Xianshu Wang, Paolo Peterlongo, Siranoush Manoukian, Loris Bernard, Paolo Radice, Douglas F. Easton, Georgia Chenevix‐Trench, Antonis C. Antoniou, Dominique Stoppa‐Lyonnet, Olga M. Sinilnikova, Martine Dumont, Phuong Mai, MH Greene, Gord Glendon, Teresa Selander, Nayana Weerasooriya, Margareta Nordling, Annika Bergman, Zakaria Einbeigi, Marie Stenmark-Askmalm, S Liedgren, Niklas Loman, Håkan Olsson, Ulf Kristoffersson, Maria Soller, Helena Jernström, Katja Harbst, Karin Henriksson, Annika Lindblom, Brita Arver, Anna von Wachenfeldt, Annelie Liljegren, Gisela Barbany, Johanna Rantala, Beatrice Melin, Henrik Grönberg, Eva‐Lena Stattin, Monica Emanuelsson, Hans Ehrencrona, Diana Torres, Muhammad Usman Rashid, Antje Seidel‐Renkert, Frans B.L. Hogervorst, S. Verhoef, Martijn Verheus, Laura J. van’t Veer, Flora E. van Leeuwen, Margriet Collée, A.M.W. van den Ouweland, Agnes Jager, Maartje J. Hooning, Madeleine M.A. Tilanus‐Linthorst, Caroline Seynaeve, Juul Wijnen, Maaike P.G. Vreeswijk, R.A. Tollenaar, Marjolijn J. L. Ligtenberg, Rob B. van der Luijt, T. A. van Os, Quinten Waisfisz, Hanne Meijers‐Heijboer, E. Gómez, Cees E. Van Roozendaal, Marinus J. Blok, BA Caanen, Jan C. Oosterwijk, Annemarie H. van der Hout, M J E Mourits, Hans F. A. Vasen, Margaret Cook, Radka Platte, Zosia Miedzybrodzka, Helen Gregory, Patrick J. Morrison, Lisa Jeffers, T Cole, Kai-Ren Ong, Jonathan Hoffman, Alan Donaldson, Margaret James, Sarah Downing, Amy Taylor, Alexandra Murray, Mark T. Rogers, Emma McCann, David Barton, Mary Porteous, Sarah Drummond, Carole Brewer, Emma Kivuva, Anne Searle, Selina Goodman, Kathryn Hill, Rosemarie Davidson, Victoria Murday, Nicola Bradshaw, Lesley Snadden, Catherine Watt, Sarah Gibson, Eshika Haque, Edward S. Tobias, Alexis E. Duncan, Chris Jacobs, Caroline Langman, Anna Whaite, Huw Dorkins, Julian Barwell, Carol Chu, Julie Miller, Ian O. Ellis, Catherine Houghton, Jane Taylor, Lucy Side, Alison Male, Cheryl Berlin, Rebecca Collier, Fiona Douglas, Oonagh Claber, Irene Jobson, Lisa Walker, Diane M. McLeod, Dorothy Halliday, Sarah Durell, Barbara Stayner, Susan Shanley, Nazneen Rahman, Richard S. Houlston, Elizabeth Bancroft, Lucia D’Mello, Elizabeth Page, Audrey Ardern‐Jones, Kelly Kohut, Jennifer Wiggins, Elena Castro, Anita Mitra, Lisa Robertson, Jackie Cook, Oliver Quarrell, Cathryn Bardsley, Shirley Hodgson, Sheila Goff, Glen Brice, Lizzie Winchester, Charlotte Eddy, Vishakha Tripathi, Virginia Attard, Diana Eccles, Anneke Lucassen, Gillian Crawford, Donna McBride, Sarah Smalley, Mélanie Léone, Marion Gauthier-Villars, Bruno Buecher, Claude Houdayer, Muriel Belotti, Carole Tirapo, Antoine de Pauw, Véronique Byrde, Gilbert Lenoir, Yves‐Jean Bignon, Nancy Uhrhammer, Valérie Bonadona, Violaine Bourdon, Tetsuro Noguchi, Florence Coulet, Chrystelle Colas, Florent Soubrier, Isabelle Coupier, Pascal Pujol, Jean‐Philippe Peyrat, Joëlle Fournier, Françoise Révillion, Philippe Vennin, Claude Adenis, Étienne Rouleau, Rosette Lidereau, Liliane Demange, Catherine Noguès, Danièle Muller, Jean‐Pierre Fricker, Michel Longy, Nicolas Sevenet, Christine Toulas, Rosine Guimbaud, Laurence Gladieff, Viviane Feillel, Dominique Leroux, Hélène Dreyfus, Christine Rebischung, Fanny Coron, Laurence Faivre, Fabienne Prieur, Marine Lebrun, Sandra Fert Ferrer, Marc Frénay, Laurence Venat‐Bouvet, Isabelle Mortemousque, Henry T. Lynch, Carrie Snyder, Bent Ejlertsen, Mette Klarskov Andersen, Susanne Kjaergaard, Leigha Senter, Kevin Sweet, Michelle O’Connor, Caroline Craven, Paul D.P. Pharoah, Susan Ramus, Carole Pye, Patricia Harrington, Eva Wozniak, Raymonda Varon-Mateeva, Karin Kast, Sabine Preisler‐Adams, Helmut Deißler, Ines Schönbuchner, Wolfram Heinritz, Dieter Schäfer, Kristiina Aittomäki, Carl Blomqvist, Tuomas Heikkinen, R.N. Irja Erkkilä, Heather Thorne, Eveline Niedermayr, Miguel de la Hoya, Pedro Perez-Segura

Notice bibliographique

RevueHuman Molecular Genetics · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBRCA gene mutations in cancer
Établissements canadiensUniversity of TorontoLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai HospitalCentre Hospitalier Universitaire Sainte-JustineUniversité LavalUniversité de MontréalCentre hospitalier universitaire de Québec
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteU.S. Forest ServiceInstitut National Du CancerMax-Planck-GesellschaftInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleZonMwCanadian Institutes of Health ResearchDivision of Cancer Epidemiology and Genetics, National Cancer InstituteLigue Contre le CancerNational Institute for Health and Care ResearchNational Institutes of HealthNational Health and Medical Research CouncilCancer Research UKCanadian Breast Cancer Research Alliance
Mots-clésBiologyAlleleGeneticsMutationBreast cancerCancerAllele frequencyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Mutations in the BRCA1 gene substantially increase a woman's lifetime risk of breast cancer. However, there is great variation in this increase in risk with several genetic and non-genetic modifiers identified. The BRCA1 protein plays a central role in DNA repair, a mechanism that is particularly instrumental in safeguarding cells against tumorigenesis. We hypothesized that polymorphisms that alter the expression and/or function of BRCA1 carried on the wild-type (non-mutated) copy of the BRCA1 gene would modify the risk of breast cancer in carriers of BRCA1 mutations. A total of 9874 BRCA1 mutation carriers were available in the Consortium of Investigators of Modifiers of BRCA1/2 (CIMBA) for haplotype analyses of BRCA1. Women carrying the rare allele of single nucleotide polymorphism rs16942 on the wild-type copy of BRCA1 were at decreased risk of breast cancer (hazard ratio 0.86, 95% confidence interval 0.77-0.95, P = 0.003). Promoter in vitro assays of the major BRCA1 haplotypes showed that common polymorphisms in the regulatory region alter its activity and that this effect may be attributed to the differential binding affinity of nuclear proteins. In conclusion, variants on the wild-type copy of BRCA1 modify risk of breast cancer among carriers of BRCA1 mutations, possibly by altering the efficiency of BRCA1 transcription.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,512
Score d'incertitude au seuil0,545

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,268
Écart entre enseignants0,251 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations42
Publié2011
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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