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Enregistrement W2145097156 · doi:10.1093/nar/gks396

RF-Cloning.org: an online tool for the design of restriction-free cloning projects

2012· article· en· W2145097156 sur OpenAlexafffund
Stephen R. Bond, Christian C. Naus

Notice bibliographique

RevueNucleic Acids Research · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAnimal Genetics and Reproduction
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésCloning (programming)BiologyGeneticsComputational biologyPlasmidMolecular cloningPrimer (cosmetics)Cloning vectorRestriction siteRestriction enzymeComputer scienceDNAProgramming languageGeneComplementary DNAPhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Restriction-free cloning (RF-cloning) is a PCR-based technology that expands on the QuikChange™ mutagenesis process originally popularized by Stratagene in the mid-1990s, and allows the insertion of essentially any sequence into any plasmid at any location. While RF-cloning is a powerful tool for the design of custom plasmids when restriction sites are not conveniently situated, manually designing the requisite primers can be tedious and error prone. We present here a web-service that automates the primer design process, along with a user interface that includes a number of useful tools for managing both the input sequences and the resulting outputs. RF-Cloning is free and open to all users, and can be accessed at http://www.rf-cloning.org.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,006
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,008
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Logiciel · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,108
Score d'incertitude au seuil0,362

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0060,008
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,004
Méta-épidémiologie (sens large)0,0040,002
Bibliométrie0,0060,005
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0030,003
Science ouverte0,0060,003
Intégrité de la recherche0,0020,006
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,1080,165

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,152
Tête enseignante GPT0,379
Écart entre enseignants0,227 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreLogiciel

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations204
Publié2012
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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