Signature of Diversifying Selection on Members of the Pentatricopeptide Repeat Protein Family in <i>Arabidopsis lyrata</i>
Notice bibliographique
Résumé
Pentatricopeptide repeat (PPR) proteins compose a family of nuclear-encoded transcriptional regulators of cytoplasmic genes. They have shown dramatic expansion in copy number in plants, and although the functional importance of many remains unclear, a subset has been repeatedly implicated as nuclear restorers for cytoplasmic male sterility. Here we investigate the molecular population genetics and molecular evolution of seven single-copy PPR genes in the outcrossing model plant Arabidopsis lyrata. In comparison with neutral reference loci, we find, on average, elevated levels of polymorphism and an excess of high-frequency variants at these PPR genes, suggesting that natural selection is maintaining polymorphism at some of these loci. This elevation in diversity persists when we control for divergence and generally decreases in the flanking regions, suggesting that these genes are themselves the targets of selection. Some of the PPR genes also demonstrate elevated population differentiation, which is consistent with spatially varying selection. In contrast, no comparable patterns are observed at these loci in A. thaliana, providing no evidence for the action of balancing selection in this selfing species. Taken together, these results suggest that a subset of PPR genes may be subject to balancing selection associated with ongoing cytonuclear coevolution in the outcrossing A. lyrata, which is possibly mediated either by intergenomic conflict or by compensatory evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».