Novel simian immunodeficiency virus CTL epitopes restricted by MHC class I molecule Mamu-B*01 are highly conserved for long term in DNA/MVA-vaccinated, SHIV-challenged rhesus macaques
Notice bibliographique
Résumé
Simian immunodeficiency virus (SIV) infection of rhesus macaques provides an excellent model for investigating the basis of protective immunity against human immunodeficiency virus (HIV). One limitation of this model, however, has been the availability of a small number of known MHC class I-restricted CTL epitopes for investigating virus-specific immune responses. We assessed CTL responses against SIV Gag in a cohort of DNA/modified vaccinia virus Ankara (MVA)-vaccinated/simian-human immunodeficiency virus (SHIV)-challenged rhesus macaques. Here, we report the identification of five novel SIV CTL epitopes in Gag for the first time (Gag(39-46) NELDRFGL, Gag(169-177) EVVPGFQAL, Gag(198-206) AAMQIIRDI, Gag(257-265) IPVGNIYRR and Gag(296-305) SYVDRFYKSL) that are restricted by the common MHC class I molecule Mamu-B*01. CTL responses to these epitopes were readily detected in cryopreserved PBMC in multiple animals up to 62 weeks post-infection, both by IFN-gamma enzyme-linked immunospot assay and intracellular IFN-gamma staining. Importantly, viral sequencing results revealed that these epitopes are highly conserved in the SIV-challenged macaques over a long period of time, indicating functional constraints in these regions. Moreover, the presence of CTL responses targeting these epitopes has been confirmed in two independent cohorts of rhesus macaques that have been challenged by SHIV or SIV. Our findings provide valuable candidates for poly-epitope vaccines and for long-term quantitative monitoring of epitope-specific CD8(+) responses in the context of this common Mamu class I allele. It may thus help increase the supply of rhesus macaques in which epitope-specific immunity can be studied in the context of SIV vaccine design.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».