Initial Binding of the Broad Spectrum Antiviral Nucleoside Ribavirin to the Hepatitis C Virus RNA Polymerase
Notice bibliographique
Résumé
Ribavirin is a broad spectrum antiviral nucleoside that displays activity against a variety of RNA and DNA viruses. Ribavirin is currently used in combination with interferon-alpha for the treatment of hepatitis C virus (HCV) infection and was recently shown to be directly incorporated by the HCV RNA polymerase into RNA products. This capacity ultimately leads to increased mutation rates and drastically reduces the viral fitness. As a first step toward elucidating the nature of the specific interaction between ribavirin and the HCV polymerase, we have utilized fluorescence spectroscopy to monitor precisely the binding of ribavirin triphosphate (RTP) to the viral polymerase. This spectroscopic approach allowed us to clearly separate the RTP binding activity from the concomitant catalytic steps. We report here the first detailed study of the binding kinetics and thermodynamic parameters involved in the interaction between RTP and an RNA polymerase. We demonstrate that RTP binds to the same active site as nucleotides. Furthermore, we provide evidence that the HCV polymerase cannot only bind to RTP but also to nonphosphorylated ribavirin, albeit with less affinity. By using various combinations of template-primers, we also demonstrate that base pairing is not involved in the initial binding of RTP to the HCV polymerase. Based on the results of circular dichroism and denaturation studies, we show that the RNA polymerase undergoes subtle conformational changes upon the binding of RTP, although the interaction does not significantly modify the stability of the protein. Finally, although metal ions are required for catalytic activity, they are not required for the initial binding of RTP to the polymerase. Such quantitative analyses are of primary importance for the rational design of new ribavirin analogues of potential therapeutic value and provide crucial insights on the interaction between RTP and the HCV RNA polymerase.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».