Initial Binding of the Broad Spectrum Antiviral Nucleoside Ribavirin to the Hepatitis C Virus RNA Polymerase
Notice bibliographique
Résumé
Ribavirin is a broad spectrum antiviral nucleoside that displays activity against a variety of RNA and DNA viruses. Ribavirin is currently used in combination with interferon-alpha for the treatment of hepatitis C virus (HCV) infection and was recently shown to be directly incorporated by the HCV RNA polymerase into RNA products. This capacity ultimately leads to increased mutation rates and drastically reduces the viral fitness. As a first step toward elucidating the nature of the specific interaction between ribavirin and the HCV polymerase, we have utilized fluorescence spectroscopy to monitor precisely the binding of ribavirin triphosphate (RTP) to the viral polymerase. This spectroscopic approach allowed us to clearly separate the RTP binding activity from the concomitant catalytic steps. We report here the first detailed study of the binding kinetics and thermodynamic parameters involved in the interaction between RTP and an RNA polymerase. We demonstrate that RTP binds to the same active site as nucleotides. Furthermore, we provide evidence that the HCV polymerase cannot only bind to RTP but also to nonphosphorylated ribavirin, albeit with less affinity. By using various combinations of template-primers, we also demonstrate that base pairing is not involved in the initial binding of RTP to the HCV polymerase. Based on the results of circular dichroism and denaturation studies, we show that the RNA polymerase undergoes subtle conformational changes upon the binding of RTP, although the interaction does not significantly modify the stability of the protein. Finally, although metal ions are required for catalytic activity, they are not required for the initial binding of RTP to the polymerase. Such quantitative analyses are of primary importance for the rational design of new ribavirin analogues of potential therapeutic value and provide crucial insights on the interaction between RTP and the HCV RNA polymerase.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».