Livestock-associated Methicillin-Resistant<i>Staphylococcus aureus</i>Sequence Type 398 in Humans, Canada
Notice bibliographique
Résumé
Rates of colonization with livestock-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) sequence type 398 have been high for pigs and pig farmers in Canada, but prevalence rates for the general human population are unknown.In this study, 5 LA-MRSA isolates, 4 of which were obtained from skin and soft tissue infections, were identifi ed from 3,687 tested MRSA isolates from persons in Manitoba and Saskatchewan, Canada.Further molecular characterization determined that these isolates all contained staphylococcal cassette chromosome (SCC) mecV, were negative for Panton-Valentine leukocidin, and were closely related by macrorestriction analysis with the restriction enzyme Cfr91.The complete DNA sequence of the SCCmec region from the isolate showed a novel subtype of SCCmecV harboring clustered regularly interspaced short palindromic repeats and associated genes.Although prevalence of livestock-associated MRSA seems to be low for the general population in Canada, recent emergence of infections resulting from this strain is of public health concern.H igh prevalence of colonization with livestock-associ- ated (LA) methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) sequence type (ST) 398 among pigs and pig farm-ers was fi rst reported in the Netherlands (1) and has since been identifi ed in Canada (2) and the United States (3).In Canada, this LA-MRSA strain was identifi ed in pigs and pig farmers in southwestern Ontario, where prevalence of MRSA colonization was 24.9% (71/285) and 20% (5/25), respectively (2).In the United States, nasal samples from 20 production system workers and 299 swine from 2 farms in Illinois and Iowa showed that 45% (9/20) and 49% (147/299), respectively, were colonized with LA-MRSA (3).Despite such high prevalence of MRSA colonization on these tested farms, to our knowledge, no human or animal infections resulting from LA-MRSA strains have been reported in North America.To determine whether LA-MRSA has recently emerged in the general population of Canada, we identifi ed human infections and colonizations associated with the LA-MRSA strain in Canada and molecularly characterized the isolates.We also identifi ed a novel staphylococcal cassette chromosome (SCC) mecV subtype harboring clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and CRISPR-associated genes (cas). Materials and MethodsA convenience sample, totaling 2,358 MRSA isolates from human specimens, was submitted to the National Microbiology Laboratory (NML) for spa typing, as described (4,5).During January 2007-October 2008, the Saskatchewan Disease Control Laboratory submitted 2,008 specimens; during October 2007-August 2008, the Cadham Provincial Laboratory in Manitoba submitted 350 specimens.An additional 1,329 isolates from human specimens were spa typed by the Saskatchewan Disease Control Laboratory.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».