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Enregistrement W2147465745 · doi:10.1371/journal.pone.0043099

Creation of an Open-Access, Mutation-Defined Fibroblast Resource for Neurological Disease Research

2012· article· en· W2147465745 sur OpenAlexaff
Selina Wray, Matthew W. Self, Patrick A. Lewis, Jan‐Willem Taanman, Natalie S. Ryan, Colin Mahoney, Yuying Liang, Michael J. Devine, Una‐Marie Sheerin, Henry Houlden, Huw R. Morris, Daniel G. Healy, J.F. Martí-Massó, Elisavet Preza, Suzanne Barker, Margaret Sutherland, Roderick A. Corriveau, Michael R. D’Andrea, Anthony H.V. Schapira, Ryan J. Uitti, Mark Guttman, Grzegorz Opala, Barbara Jasińska‐Myga, Andreas Puschmann, Christer Nilsson, Alberto J. Espay, Jarosław Sławek, Ludwig Gutmann, Bradley F. Boeve, Khrista Boylan, A. Jon Stoessl, Owen A. Ross, Nicholas J. Maragakis, Jay Van Gerpen, Melissa Gerstenhaber, Katrina Gwinn, Ted M. Dawson, Ole Isacson, Karen Marder, Lorraine N. Clark, Serge Przedborski, Steven Finkbeiner, Jeffrey D. Rothstein, Zbigniew K. Wszołek, Martin N. Rossor, John Hardy

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePluripotent Stem Cells Research
Établissements canadiensUniversity of British ColumbiaCentre for Movement Disorders
Organismes subventionnairesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeMedical Research CouncilUniversity of California, IrvineNational Institutes of HealthFeinberg School of MedicineAlzheimer's SocietyUniversity of SheffieldWellcome TrustUniversity College LondonCedars-Sinai Medical CenterUniversity at BuffaloUniversity of DundeeUniversity of PennsylvaniaHarvard UniversityNorthwestern UniversityMcLean HospitalParkinson's Disease FoundationMichael J. Fox Foundation for Parkinson's ResearchJohns Hopkins UniversityCardiff UniversityMayo ClinicParkinson's UKCHDI FoundationNational Institute for Health and Care ResearchMassachusetts General Hospital
Mots-clésDiseaseInduced pluripotent stem cellMutationMedicineBioinformaticsNeuroscienceBiologyGeneGeneticsPathologyEmbryonic stem cell

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Our understanding of the molecular mechanisms of many neurological disorders has been greatly enhanced by the discovery of mutations in genes linked to familial forms of these diseases. These have facilitated the generation of cell and animal models that can be used to understand the underlying molecular pathology. Recently, there has been a surge of interest in the use of patient-derived cells, due to the development of induced pluripotent stem cells and their subsequent differentiation into neurons and glia. Access to patient cell lines carrying the relevant mutations is a limiting factor for many centres wishing to pursue this research. We have therefore generated an open-access collection of fibroblast lines from patients carrying mutations linked to neurological disease. These cell lines have been deposited in the National Institute for Neurological Disorders and Stroke (NINDS) Repository at the Coriell Institute for Medical Research and can be requested by any research group for use in in vitro disease modelling. There are currently 71 mutation-defined cell lines available for request from a wide range of neurological disorders and this collection will be continually expanded. This represents a significant resource that will advance the use of patient cells as disease models by the scientific community.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,007
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesScience ouverte
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,996
Score d'incertitude au seuil0,100

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0070,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0070,004
Études des sciences et des technologies0,0030,001
Communication savante0,0020,002
Science ouverte0,0040,004
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0300,020

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,144
Tête enseignante GPT0,387
Écart entre enseignants0,243 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations141
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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