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Enregistrement W2147774366 · doi:10.1371/journal.pgen.1003500

Sex-stratified Genome-wide Association Studies Including 270,000 Individuals Show Sexual Dimorphism in Genetic Loci for Anthropometric Traits

2013· article· en· W2147774366 sur OpenAlexaff
Joshua C. Randall, Thomas W. Winkler, Zoltán Kutalik, Sonja I. Berndt, Anne Jackson, Keri L. Monda, Tuomas O. Kilpeläinen, Tõnu Esko, Reedik Mägi, Shengxu Li, Tsegaselassie Workalemahu, Mary F. Feitosa, Damien C. Croteau‐Chonka, Felix R. Day, Tove Fall, Teresa Ferreira, Stefan Gustafsson, Adam E. Locke, Iain Mathieson, André Scherag, Sailaja Vedantam, Andrew R. Wood, Liming Liang, Valgerður Steinthórsdóttir, Guðmar Þorleifsson, Emmanouil T. Dermitzakis, Antigone S. Dimas, Fredrik Karpe, Josine L. Min, Deborah J. Clegg, Thomas N. Person, Jon P. Krohn, Sabrina Bauer, Christa Buechler, Kristina Eisinger, Amélie Bonnefond, Philippe Froguel, Jouke‐Jan Hottenga, Inga Prokopenko, Lindsay L. Waite, Tamara B. Harris, Albert V. Smith, Alan R. Shuldiner, Wendy L. McArdle, Mark J. Caulfield, Patricia B. Munroe, Henrik Grönberg, Yii-Der Ida Chen, Li Guo, J. Beckmann, Toby Johnson, Unnur Þorsteinsdóttir, Maris Teder‐Laving, Kay‐Tee Khaw, Nicholas J. Wareham, Wei Zhao, Najaf Amin, Ben A. Oostra, Aldi T. Kraja, Michael A. Province, L. Adrienne Cupples, Nancy L. Heard‐Costa, Jaakko Kaprio, Samuli Ripatti, Ida Surakka, Francis S. Collins, Jouko Saramies, Jaakko Tuomilehto, Antti Jula, Veikko Salomaa, Jeanette Erdmann, Christian Hengstenberg, Christina Loley, Heribert Schunkert, Claudia Lamina, H.-Erich Wichmann, Eva Albrecht, Christian Gieger, Andrew A. Hicks, Åsa Johansson, Peter P. Pramstaller, Sekar Kathiresan, Elizabeth K. Speliotes, Brenda W.J.H. Penninx, Anna-Liisa Hartikainen, Marjo‐Riitta Järvelin, Ulf Gyllensten, Dorret I. Boomsma, Harry Campbell, James F. Wilson, Stephen J. Chanock, Martin Farrall, Anuj Goel, Carolina Medina‐Gómez, Fernando Rivadeneira, Karol Estrada, André G. Uitterlinden, Albert Hofman, M. Carola Zillikens, Martin den Heijer, Lambertus A. Kiemeney, Andrea Maschio, Per Hall, Jonathan P. Tyrer, Alexander Teumer, Henry Völzke, Péter Kovács, Anke Tönjes, Massimo Mangino, Tim D. Spector, Caroline Hayward, Igor Rudan, Alistair S. Hall, Nilesh J. Samani, Antony Attwood, Jennifer G. Sambrook, Joseph Hung, Lyle J. Palmer, Marja‐Liisa Lokki, Juha Sinisalo, Gabrielle Boucher, Heikki V. Huikuri, Mattias Lorentzon, Claes Ohlsson, Niina Eklund, Johan G. Eriksson, Cristina Barlassina, Carlo Rivolta, Ilja M. Nolte, Harold Snieder, Melanie M. van der Klauw, Jana V. van Vliet‐Ostaptchouk, Pablo V. Gejman, Jianxin Shi, Kevin B. Jacobs, Stephan J. L. Bakker, Irene Mateo Leach, Gerjan Navis, Pim van der Harst, Nicholas G. Martin, Sarah E. Medland, Grant W. Montgomery, Jian Yang, Daniel I. Chasman, Paul M. Ridker, Lynda M. Rose, Terho Lehtimäki, Olli T. Raitakari, Devin Absher, Carlos Iribarren, Hanneke Basart, Kees Hovingh, Elina Hyppönen, Chris Power, Denise Anderson, John Beilby, Jennie Hui, Jennifer Jolley, Hendrik B. Sager, Stefan R. Bornstein, Peter Schwarz, Kati Kristiansson, Markus Perola, Jaana Lindström, Amy J. Swift, Matti Uusitupa, Mustafa Atalay, Timo A. Lakka, Rainer Rauramaa, Jennifer L. Bolton, Gerry Fowkes, Ross M. Fraser, Jackie F. Price, Krista Fischer, Kaarel KrjutÅ¡kov, Andres Metspalu, Evelin Mihailov, Claudia Langenberg, Jian’an Luan, Ken K. Ong, Peter S. Chines, Sirkka Keinänen‐Kiukaanniemi, Timo Saaristo, Sarah Edkins, Paul W. Franks, Göran Hallmans, Dmitry Shungin, Andrew David Morris, Raimund Erbel, Susanne Moebus, Markus M. Nöthen, Sonali Pechlivanis, Kristian Hveem, Narisu Narisu, Anders Hamsten, Steve E. Humphries, Rona J. Strawbridge, Elena Tremoli, Harald Grallert, Barbara Thorand, Thomas Illig, Wolfgang Köenig, Martina Müller‐Nurasyid, Annette Peters, Bernhard O. Boehm, Marcus E. Kleber, Winfried März, Bernhard R. Winkelmann, Johanna Kuusisto, Markku Laakso, Dominique Arveiler, Giancarlo Cesana, Kari Kuulasmaa, Jarmo Virtamo, J. W. G. Yarnell, Diana Kuh, Andrew Wong, Lars Lind, Ulf dé Fairé, Bruna Gigante, Patrik K. E. Magnusson, Nancy L. Pedersen, George Dedoussis, Maria Dimitriou, Genovefa Kolovou, Stavroula Kanoni, Kathleen Stirrups, Lori L. Bonnycastle, Inger Njølstad, Tom Wilsgaard, Andrea Ganna, Emil Rehnberg, Aroon D. Hingorani, Mika Kivimäki, Meena Kumari, Themistocles L. Assimes, Inês Barroso, Michael Boehnke, Ingrid B. Borecki, Panos Deloukas, Caroline S. Fox, Timothy M. Frayling, Talin Haritunians, David J. Hunter, Erik Ingelsson, Robert C. Kaplan, Karen L. Mohlke, Jeffrey R. O’Connell, David Schlessinger, David P. Strachan, Kāri Stefánsson, Cornelia M. van Duijn, Gonçalo R. Abecasis, Mark I. McCarthy, Joel N. Hirschhorn, Lu Qi, Ruth J. F. Loos, Cecilia M. Lindgren, Kari E. North, Iris M. Heid

Notice bibliographique

RevuePLoS Genetics · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensMontreal Heart InstituteLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteOntario Institute for Cancer Research
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Center for Research ResourcesBritish Heart FoundationU.S. National Library of MedicineNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Institute on Drug AbuseNational Institute of Mental HealthNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institute for Health and Care ResearchNational Institute on AgingAgency for Healthcare Research and QualityEconomic and Social Research CouncilNational Center for Advancing Translational SciencesMedical Research CouncilWellcome TrustCancer Research UKNovo Nordisk FondenNational Institutes of HealthSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNational Institute of General Medical SciencesNational Human Genome Research InstituteNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekNational Cancer InstituteNational Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism
Mots-clésBiologySexual dimorphismGenome-wide association studyAnthropometryWaistGeneticsCircumferenceSingle-nucleotide polymorphismWaist–hip ratioLocus (genetics)Genetic associationBody mass indexZoologyInternal medicineGenotypeMedicineGeneEndocrinology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Given the anthropometric differences between men and women and previous evidence of sex-difference in genetic effects, we conducted a genome-wide search for sexually dimorphic associations with height, weight, body mass index, waist circumference, hip circumference, and waist-to-hip-ratio (133,723 individuals) and took forward 348 SNPs into follow-up (additional 137,052 individuals) in a total of 94 studies. Seven loci displayed significant sex-difference (FDR<5%), including four previously established (near GRB14/COBLL1, LYPLAL1/SLC30A10, VEGFA, ADAMTS9) and three novel anthropometric trait loci (near MAP3K1, HSD17B4, PPARG), all of which were genome-wide significant in women (P<5×10(-8)), but not in men. Sex-differences were apparent only for waist phenotypes, not for height, weight, BMI, or hip circumference. Moreover, we found no evidence for genetic effects with opposite directions in men versus women. The PPARG locus is of specific interest due to its role in diabetes genetics and therapy. Our results demonstrate the value of sex-specific GWAS to unravel the sexually dimorphic genetic underpinning of complex traits.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,011

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,003
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,058
Tête enseignante GPT0,307
Écart entre enseignants0,249 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations459
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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