Transcriptome analysis of the parasite Encephalitozoon cuniculi: an in-depth examination of pre-mRNA splicing in a reduced eukaryote
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The microsporidian Encephalitozoon cuniculi possesses one of the most reduced and compacted eukaryotic genomes. Reduction in this intracellular parasite has affected major cellular machinery, including the loss of over fifty core spliceosomal components compared to S. cerevisiae. To identify expression changes throughout the parasite's life cycle and also to assess splicing in the context of this reduced system, we examined the transcriptome of E. cuniculi using Illumina RNA-seq. RESULTS: We observed that nearly all genes are expressed at three post-infection time-points examined. A large fraction of genes are differentially expressed between the first and second (37.7%) and first and third (43.8%) time-points, while only four genes are differentially expressed between the latter two. Levels of intron splicing are very low, with 81% of junctions spliced at levels below 50%. This is dramatically lower than splicing levels found in two other fungal species examined. We also describe the first case of alternative splicing in a microsporidian, an unexpected complexity given the reduction in spliceosomal components. CONCLUSIONS: Low levels of splicing observed are likely the result of an inefficient spliceosome; however, at least in one case, splicing appears to be playing a functional role. Although several RNA decay genes are encoded in E. cuniculi, the lack of a few key players could be reducing decay levels and therefore increasing the proportion of unspliced transcripts. Significant proportions of genes are differentially expressed in the first forty-eight hours but not after, indicative of genetic changes that precede the intracellular to infective stage transition.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».