The p120ctn-binding partner Kaiso is a bi-modal DNA-binding protein that recognizes both a sequence-specific consensus and methylated CpG dinucleotides
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The p120(ctn)-binding partner Kaiso is a new member of the POZ-zinc finger family of transcription factors implicated in development and cancer. To understand the role of Kaiso in gene regulation and p120(ctn)-mediated signaling and adhesion, we sought to identify Kaiso-specific DNA binding sequences and potential target genes. Here we demonstrate that Kaiso is a dual specificity DNA-binding protein that recognizes the specific consensus sequence TCCTGCNA as well as methyl-CpG dinucleotides. A minimal core sequence CTGCNA was identified as sufficient for Kaiso binding. Two copies of the Kaiso-binding site are present in the human and murine matrilysin promoters, implicating matrilysin as a candidate target gene for Kaiso. In electrophoretic mobility shift assays, matrilysin promoter-derived oligonucleotide probes formed a complex with GST-Kaiso fusion proteins possessing the zinc finger domain but not with fusion proteins lacking the zinc fingers. We further determined that only Kaiso zinc fingers 2 and 3 were necessary and sufficient for sequence-specific DNA binding. Interestingly, Kaiso also possesses a methyl-CpG-dependent DNA-binding activity distinct from its sequence-specific DNA binding. However, Kaiso has a higher affinity for the TCCTGCNA consensus than for the methyl-CpG sites. Furthermore, the DNA-binding ability of Kaiso with either recognition site was inhibited by p120(ctn). Kaiso thus appears to have two modes of DNA binding and transcriptional repression, both of which may be modulated by its interaction with the adhesion cofactor p120(ctn).
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle