Expressed Sequence Tag Analysis of Lilium longiflorum Generative Cells
Notice bibliographique
Résumé
The generative cell, the male gametic cell progenitor in flowering plants, undergoes mitotic division to produce two sperm cells. We have examined the gene expression profile of the Lilium longiflorum (lily) generative cell by sequencing expressed sequence tags (ESTs). A total of 886 ESTs derived from the generative cell cDNA library were clustered into 637 unique ESTs comprising 123 cluster ESTs and 514 singleton ESTs. Thirty-nine percent of non-redundant ESTs showing similarity to Arabidopsis genes with known function were thus assigned putative functions. Genes related to the ubiquitin system were abundant, suggesting the key role of ubiquitin-dependent proteolysis in gametogenesis. A total of 168 and 129 non-redundant lily generative cell ESTs showed significant similarity to maize sperm cell ESTs and Arabidopsis male gametophyte-specific transcripts, respectively. Fifty-five ESTs appeared to have significant similarities to both maize sperm cell ESTs and Arabidopsis male gametophyte-specific genes, indicating conservation of male gamete-expressed genes across different plant genera. Thus our data provide a handle to identify Arabidopsis gamete-expressed genes and to investigate their function. Several of these genes are potential candidates for analyzing the molecular basis of fertilization and for investigating mechanisms of gamete-specific transcriptional regulation in Arabidopsis through bioinformatics-based approaches.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».