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Enregistrement W2149187834 · doi:10.1042/bj20031219

Genomic organization and linkage via a bidirectional promoter of the AP-3 (adaptor protein-3) mu3A and AK (adenosine kinase) genes: deletion mutants of AK in Chinese hamster cells extend into the AP-3 mu3A gene

2004· article· en· W2149187834 sur OpenAlexaff
Bhag Singh, Radhey S. Gupta

Notice bibliographique

RevueBiochemical Journal · 2004
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
Thématiquemelanin and skin pigmentation
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGeneExonBiologyIntronMutantCoding regionMolecular biologyChinese hamster ovary cellGeneticsPromoterGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The cDNA and genomic DNA for the mu3A subunit of the AP-3 (adaptor protein-3) complex were cloned from Chinese hamster cells. The AP-3 mu3A genes in Chinese hamster, human and mouse each comprise nine exons and eight introns, with all introns located in identical positions in the species studied. The AP-3 mu3A genes in these species are linked in a head-to-head fashion with the gene for the purine salvage pathway enzyme AK (adenosine kinase). These genes share the first exon, and a 512 bp fragment covering the intervening untranslated sequence has the characteristic of a CpG island promoter, and it effectively carried out transcription in both directions. Deletion studies indicate that this region contains both positive and negative regulatory elements affecting transcription of these genes. In comparison with the AP-3 mu3A gene (27 kb), the AK gene in human is very large (558 kb), with average exon and intron lengths of approx. 100 bp and 55.7 kb respectively. The ratio of non-coding to coding sequence in the human AK gene is >550, which is the highest reported for any gene. We also present evidence that a number of AK- mutants of Chinese hamster ovary cells contain large deletions that affect both of these genes. In addition to lacking part of the AK gene, two of these mutants also lacked all of the exons and introns corresponding to the AP-3 mu3A gene. These mutants should prove useful in elucidating the role of AP-3 mu3A in vesicle-mediated protein sorting--a process that is altered in Hermansky-Pudlak syndrome. Detailed phylogenetic analysis of the micro family of proteins presented here also provides insight into how different AP complexes are related and may have evolved.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,025
Score d'incertitude au seuil0,364

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,210
Écart entre enseignants0,206 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations14
Publié2004
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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