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Enregistrement W2149345837 · doi:10.1002/ana.21063

A second major histocompatibility complex susceptibility locus for multiple sclerosis

2007· article· en· W2149345837 sur OpenAlexaff
Tai Wai Yeo, Philip L. De Jager, Simon G. Gregory, Lisa F. Barcellos, Amie Walton, An Goris, Chiara Fenoglio, Maria Ban, Craig J. Taylor, Reyna S. Goodman, Emily Walsh, Cara S. Wolfish, Roger W. Horton, James A. Traherne, Stephan Beck, John Trowsdale, Stacy J. Caillier, Adrian J. Ivinson, Todd J. Green, Susan Pobywajlo, Eric S. Lander, Margaret A. Pericak‐Vance, Jonathan L. Haines, Mark J. Daly, Jorge R. Oksenberg, Stephen L. Hauser, Alastair Compston, David A. Hafler, John D. Rioux, Stephen Sawcer

Notice bibliographique

RevueAnnals of Neurology · 2007
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueMultiple Sclerosis Research Studies
Établissements canadiensUniversité de MontréalMontreal Heart Institute
Organismes subventionnairesNational Institutes of HealthVlaamse regeringFonds Wetenschappelijk OnderzoekWellcome TrustMultiple Sclerosis SocietyCambridge Philosophical SocietyCambridge Commonwealth TrustGlaxoSmithKlineNational Institute of Neurological Disorders and StrokeMedical Research CouncilCancer Research Institute
Mots-clésGeneticsHuman leukocyte antigenLinkage disequilibriumLocus (genetics)Major histocompatibility complexAlleleBiologyGenotypingMultiple sclerosisHaplotypeGeneSingle-nucleotide polymorphismMicrosatelliteImmunologyGenotypeAntigen

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

OBJECTIVE: Variation in the major histocompatibility complex (MHC) on chromosome 6p21 is known to influence susceptibility to multiple sclerosis with the strongest effect originating from the HLA-DRB1 gene in the class II region. The possibility that other genes in the MHC independently influence susceptibility to multiple sclerosis has been suggested but remains unconfirmed. METHODS: Using a combination of microsatellite, single nucleotide polymorphism, and human leukocyte antigen (HLA) typing, we screened the MHC in trio families looking for evidence of residual association above and beyond that attributable to the established DRB1*1501 risk haplotype. We then refined this analysis by extending the genotyping of classical HLA loci into independent cases and control subjects. RESULTS: Screening confirmed the presence of residual association and suggested that this was maximal in the region of the HLA-C gene. Extending analysis of the classical loci confirmed that this residual association is partly due to allelic heterogeneity at the HLA-DRB1 locus, but also reflects an independent effect from the HLA-C gene. Specifically, the HLA-C*05 allele, or a variant in tight linkage disequilibrium with it, appears to exert a protective effect (p = 3.3 x 10(-5)). INTERPRETATION: Variation in the HLA-C gene influences susceptibility to multiple sclerosis independently of any effect attributable to the nearby HLA-DRB1 gene.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,566
Score d'incertitude au seuil0,838

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,302
Tête enseignante GPT0,402
Écart entre enseignants0,101 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations175
Publié2007
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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