Pathogenesis-related genes as tools for discovering the response of onion defence system against <i>Iris yellow spot virus</i> infection
Notice bibliographique
Résumé
The Iris yellow spot virus (IYSV) is a viral pathogen of onions and causes severe damage and economic loss in affected onion crops. Pathogenesis-related (PR) genes are part of the innate immune response that onions harbour against viral diseases, which to date remains unclear. Using a sensitive and reliable real-time quantitative PCR method, the dynamic expression of five different genes in infected onions were investigated after biological inoculation with virulent isolate of Thrips tabaci (Lindeman). The transcription levels of PR1, PR2, PR3, PR4, and PR5 genes were highly expressed 1 day post inoculation (dpi). Furthermore, statistical analysis revealed a significant change in peak expression levels of PR1 after 8 dpi and PR3 after 9 dpi. In contrast, the expression level change for the other genes was only moderate. Further, we determined and ranked the expression stability of three reference genes (EF1-α, 18S rRNA, and β-actin) using geNorm and NormFinder. The overall analysis demonstrated that β-actin is the most informative gene, which can be utilised as an internal control for quantitative gene expression. Our study findings not only provide guidelines for selection of appropriate reference genes in virally infected onions, but also valuable information concerning immune response related genes associated with the initial plant defences against viral infection. Moreover, the PR1 gene appears to be a disease-specific gene related to the IYSV infection in onion tissues.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».