Optimal Attachment Position and Linker Length Promote Native‐like Character of Cavitand‐Based Template‐Assembled Synthetic Proteins (TASPs)
Notice bibliographique
Résumé
We have designed, synthesised and characterised a series of template-assembled de novo four-helix bundles, each differing in the linker length between the template and the peptides. The helix is based on an earlier peptide sequence: EELLKKLEELLKKLG (first-generation sequence), which was designed to link the hydrophilic/hydrophobic interface of the helices. Increasing or decreasing the linker length by one glycine residue had a significant effect on the structure and properties of the template-assembled synthetic proteins (TASPs). Here, the effect of the linker length is further probed by linking the peptides closer to the hydrophobic face by using the second-generation sequence, AEELLKKLEELLKKG, in an effort to improve the packing between the helices and to better understand the helical bundles. The peptides were synthesised with 0-4 Gly linker residues and linked onto a cavitand template. The proteins were found to be alpha-helical, stable to guanidine hydrochloride (GuHCl) and to unfold cooperatively. However, their stabilities toward GuHCl, propensity to self-aggregate and structural specificity differed. The two-glycine variant of the second-generation series demonstrated the highest stability and most native-like character of all the mononeric TASPs in both the first- and second-generation series. The structural specificity of this two glycine variant is comparable to that of other known native-like de novo proteins. Molecular dynamics simulations showed that the two-glycine variant contains helices that are tilted with respect to the cavitand template and may account for its unique properties.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».