Molecular epidemiology of<i>Neisseria gonorrhoeae</i>isolates from Saskatchewan, Canada: utility of NG-MAST in predicting antimicrobial susceptibility regionally
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: To investigate the molecular epidemiology of isolates of Neisseria gonorrhoeae from Saskatchewan, Canada, using Neisseria gonorrhoeae multi antigen sequence typing (NG-MAST), and to assess associations between antimicrobial susceptibility (AMS) and specific strain types (STs). METHODS: 320 consecutive gonococcal isolates, collected between 2003 and 2008, were typed by NG-MAST. STs were grouped if one of their alleles was common and the other differed by ≤1% in DNA sequence. AMS was determined by agar dilution (CLSI) to seven antibiotics. RESULTS: N gonorrhoeae isolates were resolved into 82 individual NG-MAST STs and 18 NG-MAST ST groups with groups 25, 3655, 921, 3654, 3657 and 3656 comprising 53.4% (171/320) of the isolates. N gonorrhoeae isolates susceptible to all the tested antimicrobials were significantly (p<0.05) associated with ST 25 (87%). Other significant associations between ST and AMS included: ST 3654 and isolates with minimum inhibitory concentrations of ≥0.03 mg/L to third generation cephalosporins; ST 3711 (100%) and TRNG; and ST/group 3654 (43%) and chromosomal resistance to penicillin and tetracycline. Several NG-MAST STs/groups were significantly associated with isolates with chromosomal resistance to tetracycline. Isolates resistant to ciprofloxacin (n=5) and azithromycin (n=2) appeared as individual STs. Significant associations were observed among individual STs, sex and age of the patient, and regional and temporal distributions. CONCLUSIONS: Associations between N gonorrhoeae AMS and NG-MAST STs were identified and may be useful in predicting AMS regionally. Because STs in different countries vary considerably, the use of NG-MAST for the prediction of AMS globally requires further study.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».