Molecular epidemiology of<i>Neisseria gonorrhoeae</i>isolates from Saskatchewan, Canada: utility of NG-MAST in predicting antimicrobial susceptibility regionally
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: To investigate the molecular epidemiology of isolates of Neisseria gonorrhoeae from Saskatchewan, Canada, using Neisseria gonorrhoeae multi antigen sequence typing (NG-MAST), and to assess associations between antimicrobial susceptibility (AMS) and specific strain types (STs). METHODS: 320 consecutive gonococcal isolates, collected between 2003 and 2008, were typed by NG-MAST. STs were grouped if one of their alleles was common and the other differed by ≤1% in DNA sequence. AMS was determined by agar dilution (CLSI) to seven antibiotics. RESULTS: N gonorrhoeae isolates were resolved into 82 individual NG-MAST STs and 18 NG-MAST ST groups with groups 25, 3655, 921, 3654, 3657 and 3656 comprising 53.4% (171/320) of the isolates. N gonorrhoeae isolates susceptible to all the tested antimicrobials were significantly (p<0.05) associated with ST 25 (87%). Other significant associations between ST and AMS included: ST 3654 and isolates with minimum inhibitory concentrations of ≥0.03 mg/L to third generation cephalosporins; ST 3711 (100%) and TRNG; and ST/group 3654 (43%) and chromosomal resistance to penicillin and tetracycline. Several NG-MAST STs/groups were significantly associated with isolates with chromosomal resistance to tetracycline. Isolates resistant to ciprofloxacin (n=5) and azithromycin (n=2) appeared as individual STs. Significant associations were observed among individual STs, sex and age of the patient, and regional and temporal distributions. CONCLUSIONS: Associations between N gonorrhoeae AMS and NG-MAST STs were identified and may be useful in predicting AMS regionally. Because STs in different countries vary considerably, the use of NG-MAST for the prediction of AMS globally requires further study.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».