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Enregistrement W2153105150 · doi:10.1093/nar/gks022

A human XRCC4–XLF complex bridges DNA

2012· article· en· W2153105150 sur OpenAlexafffund
Sara N. Andres, Alexandra Vergnes, Dejan Ristić, Claire Wyman, Mauro Modesti, M.S. Junop

Notice bibliographique

RevueNucleic Acids Research · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDNA Repair Mechanisms
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesBrookhaven National LaboratoryNational Cancer InstituteCanadian Institutes of Health ResearchNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringMcMaster University
Mots-clésDNA repair protein XRCC4DNA ligaseBiologyNon-homologous end joiningDNA repairDNAGeneticsUbiquitin ligaseCell biologyNucleotide excision repairUbiquitinGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

DNA double-strand breaks pose a significant threat to cell survival and must be repaired. In higher eukaryotes, such damage is repaired efficiently by non-homologous end joining (NHEJ). Within this pathway, XRCC4 and XLF fulfill key roles required for end joining. Using DNA-binding and -bridging assays, combined with direct visualization, we present evidence for how XRCC4-XLF complexes robustly bridge DNA molecules. This unanticipated, DNA Ligase IV-independent bridging activity by XRCC4-XLF suggests an early role for this complex during end joining, in addition to its more well-established later functions. Mutational analysis of the XRCC4-XLF C-terminal tail regions further identifies specialized functions in complex formation and interaction with DNA and DNA Ligase IV. Based on these data and the crystal structure of an extended protein filament of XRCC4-XLF at 3.94 Å, a model for XRCC4-XLF complex function in NHEJ is presented.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,079
Tête enseignante GPT0,375
Écart entre enseignants0,295 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations160
Publié2012
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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