Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Median construction is at the heart of several approaches to gene-order phylogeny. It has been observed that the solution to a median problem is generally not unique, and that alternate solutions may be quite different. Another concern has to do with a tendency for medians to fall on or near one of the three input orders, and hence to contain no information about the other two. RESULTS: We conjecture that as gene orders become more random with respect to each other, and as the number of genes increases, the breakpoint median for circular unichromosomal genomes, in both the unsigned and signed cases, tends to approach one of the input genomes, the "corners" in terms of the distance normalized by the number of genes. Moreover, there are alternate solutions that approach each of the other inputs, so that the average distance between solutions is very large. We confirm these claims through simulations, and extend the results to medians of more than three genomes. CONCLUSIONS: This effect also introduces serious biases into the medians of less scrambled genomes. It prompts a reconsideration of the role of the median in gene order phylogeny. Fortunately, for triples of finite length genomes, a small proportion of the median solutions escape the tendency towards the corners, and these are relatively close to each other. This suggests that a focused search for these solutions, though they represent a decreasing minority as genome length increases, is a way out of the pathological tendency we have described.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,064 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,007 |
| Communication savante | 0,004 | 0,010 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,017 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».