Error-Prone PCR Mutagenesis Reveals Functional Domains of a Bacterial Transcriptional Activator, TraJ
Notice bibliographique
Résumé
TraJ is the essential activator of P(Y), the promoter of the F and F-like plasmid tra operon that encodes the majority of the proteins for bacterial conjugation. By combining error-prone PCR mutagenesis with a two-plasmid screen, we isolated 55 missense mutations in traJ, each affecting the ability of TraJ to activate P(Y). These mutations define two distinct functional clusters (amino acids [aa] 21 to 117 and aa 150 to 219). Limited proteolytic analysis of TraJ suggested that the N- and C-terminal functional clusters are two structurally distinct domains. Most TraJ mutants exhibited decreased intracellular protein levels, and the HslVU protease-chaperone pair was found to be responsible for degrading those mutants without extracytoplasmic stress-induced overexpression. In vivo cross-linking analysis of TraJ mutants indicated that the N-terminal domain is responsible for dimerization. This was confirmed by the finding that the purified N-terminal region of TraJ forms dimers in solution. The levels of dimerization and in vivo activities of TraJ mutants are well correlated, suggesting that dimerization of TraJ is required for its biological function. We propose that the regulation of TraJ dimerization and/or its susceptibility to HslVU could be a key mechanism in various signaling processes for controlling bacterial conjugation in response to physiological or environmental stimuli.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».