Measuring Branch Support in Species Trees Obtained by Gene Tree Parsimony
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Several methods have recently been developed that allow the reconstruction of species trees from gene trees, an important achievement in our ongoing quest to obtain reliable species phylogenies. However, considerably less attention has been given to evaluating the accuracy of species trees' estimates. Four methods for measuring branch support of species trees are tested in this study in a gene tree parsimony framework: 1) bootstrap lineages (BL) (sequences) within species, 2) bootstrap characters (BC) within genes (i.e., the standard nonparametric bootstrap), 3) bootstrap lineages and characters (BLC), and 4) posterior probability gene tree sampling (PPGTS) (where, for each resampled data set, gene trees are sampled according to their posterior probability). For each method, n species trees are reconstructed from n resampled data sets and the branch support consists in the percentage of the n species trees in which a branch is recovered. The 4 methods were tested for several species trees and for different sampling efforts (i.e., number of genes and individuals sampled) using coalescent simulations. PPGTS performed best overall with lowest Type I and II error rates, followed by BLC. The BL and BC methods had higher error rates. This suggests that in order to properly measure branch support in a species tree context, it is important to account for the uncertainty involved in reconstructing gene trees from DNA sequences as well as that involved in reconstructing the species tree from individual gene trees. With the parameters used in the simulations, sampling more individuals per species resulted in similar improvements in support values as when sampling more genes. Moreover, sampling more individuals per species appeared to be important for escaping the anomaly zone present when only 1 sequence was sampled. We also apply the 4 methods to obtain branch supports for the species phylogeny of diploid wild roses (Rosa) in North America.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle